Политика Лжедмитрия вызывала всеобщее недовольство, которое было использовано боярством. В результате восстания, вспыхнувшего в Москве в мае 1606 г., царем был избран Василий Шуйский. Он дал крестоцеловальную грамоту, в которой обещал сохранить привилегии бояр, что еще больше обострило как борьбу внутри класса феодалов, так и всеобщее недовольство, вылившееся в мощное народное восстание. Его возглавил Иван Болотников. Неудивительно, что движение началось на Северской Украине. Это были окраинные территории государства, где скопилась огромная масса беглых людей из центра и северо-запада страны. Здесь еще была слаба царская администрация. Казачество представляло благоприятную почву для начала движения именно здесь. Состав участников был следующим: крестьяне, кабальные холопы, посадские люди (Болотникова поддержали 70 городов), казаки, стрельцы, народы Поволжья. В восстании участвовали и дворяне, стремившиеся использовать это движение против В. Шуйского.
В советской исторической науке восстание Болотникова характеризуется как Первая крестьянская война. Основные признаки крестьянской войны: восставшие выдвигают лозунги не местного, а общерусского характера; страна раскалывается на два лагеря – правительства и восставших; в восстании заметны элементы организации; в восстании участвуют различные социальные слои.
В народе продолжал упорно держаться слух о чудесном спасении Дмитрия, о том, что, вновь воцарившись в Москве, он облегчит его положение. Болотников выступал как воевода Дмитрия и в своих грамотах призывал выступать против Шуйского. После побед под Кромами и в устье реки Угры 7 октября 1606 г. восставшие, к которым присоединились отряды дворян и казаков Прокопия Ляпунова и Истомы Пашкова, подошли к Москве. Волнениями был охвачен не только центр и юг страны, но и Поволжье, Западный Урал, Псков, Астрахань.
В решающий момент движения дворяне, опасаясь ширившегося народного движения, пошли на сговор с Шуйским, против которого еще недавно выступали. В сражении у села Коломенского Болотников потерпел поражение, снял осаду Москвы и отошел к Калуге. Действовавшие в Поволжье отряды терских казаков под командованием Илейки Муромца двинулись на соединение с Болотниковым и помогли ему уйти из Калуги. Восставшие укрепились в Туле.
Правительство Шуйского принимало меры для подавления восстания. Перебежчики из лагеря восставших освобождались от крепостной зависимости. Для консолидации землевладельцев центра в 1607 г. был издан указ о пятнадцатилетнем сроке сыска беглых крестьян.
Болотников четыре месяца держался в Туле. Шуйскому даже не помогла устроенная плотина на реке Упе, которая позволила затопить Тулу. Помогла хитрость. Царь обещал сохранить жизнь восставшим, если они сложат оружие. Ворота Тулы были открыты. Шуйский не сдержал своего слова. Началась жестокая расправа с восставшими.
Однако с поражением восстания Болотникова