В 1996 г. Австрийская партия свободы удачно выступила на выборах в Европарламент, получив 27,5% голосов и шесть мандатов (из 21, закреплённого за Австрией).
В 1999 г. Хайдер снова был избран губернатором Каринтии, а на общенациональных выборах АПС набрала 27%, согласившись на формирование коалиционного правительства с Австрийской народной партией. По закону, Хайдер должен был стать федеральным канцлером, однако, чтобы избежать международного скандала, обеими партиями были принято решение, назначить канцлером представителя «народников». Взамен АПС получила два министерских поста – финансов и социальных отношений. Однако международный скандал, связанный с обвинениями Хайдера в «нацизме», всё равно начался. Хайдер, которому не дали быть даже рядовым министром, ушёл с поста лидера партии, уступив место Сюзан Рейсс-Пассер (Susanne Riess-Passer).
Все четырнадцать (на то время) стран-участниц ЕС пригрозили Австрии дипломатическим бойкотом и иными санкциями в случае, если в правительстве будут представители АПС. Руководство ЕС выпустило документ, в котором говорилось, что «принятие Австрийской партии свободы в коалиционное правительство легитимизирует крайне-правых в Европе».
Через некоторое время санкции были сняты. Согласно опубликованному докладу мониторинговых структур Евросоюза, оказалось, что в долгосрочной перспективе санкции могут лишь увеличить популярность АПС и создать у австрийцев негативный образ ЕС. Отметим, что когда в 1994 г. пост-фашистское Итальянское социальное движение (Movimento Sociale Italiano) вошло в правительство страны, никаких санкций против Италии не последовало.
В 1999 г. на выборах в Европарламент «свободовцы» набрали 23,4% голосов, что было ниже результата прошлых лет (27,5%), и получили 5 мандатов.
Начало 2000-х гг. стало кризисным для партии. Оставаясь в коалиционном правительстве (из которого в итоге ушёл лишь Хайдер), АПС должна была подстраиваться под неолиберальную политику Австрийской народной партии, при этом рискуя потерять поддержку националистического и патерналистского электората. Таким образом, повторялась история середины 1980-х гг., когда Австрийская партия свободы была в социал-демократической правительственной коалиции.
В течение нескольких месяцев пять раз сменились лидеры партии. На национальных выборах 2002 г. партия набрала лишь 10,2%. «Народники», для сравнения, получили 43%, причём рост их поддержки произошёл в основном за счёт избирателей, разочаровавшихся в «свободовцах». Однако коалиционное правительство по-прежнему