В декабре 1941 г. убыл на должность начальника штаба стрелкового полка формировавшейся 315-й стрелковой дивизии. Не закончив формирование полка, в феврале 1942 г. он был направлен в УрВО начальником оперативного отделения штаба 7-й Эстонской стрелковой дивизии, формировавшейся в Камышловских лагерях Свердловской обл. После завершения формирования она была направлена в г. Егорьевск Московской обл. С октября 1942 г. подполковник К. А. Алликас исполнял должность начальника штаба этой дивизии. С 7 ноября она находилась в резерве Калининского фронта в районе г. Торопец, затем с 28 ноября в составе 3-й ударной армии участвовала в Великолукской наступательной операции. После освобождения города 25 января 1943 г. К. А. Алликас назначается командиром этой дивизии. В составе 8-го Эстонского стрелкового корпуса воевал с ней в 3-й и 2-й ударных, 8-й армиях на Калининском, 2-м Прибалтийском (с октября 1943 г.), Ленинградском (с февраля 1944 г.), вновь 2-м Прибалтийском (с февраля 1945 г.) и Ленинградском (с апреля) фронтах. Участвовал в освобождении территории Калининской обл. и Кингисеппского района Ленинградской обл., в Таллинской наступательной и Моонзундской десантной операциях, в боях с группировкой противника на Курляндском полуострове. За отличия в боях по освобождению г. Таллин ей было присвоено наименование «Таллинская», а за освобождение острова Сааремаа (Эзель) она была награждена орденом Красного Знамени (16.12.1944). Уже после войны 28 июня 1945 г. за проявленный героизм, отвагу, за стойкость и мужество, дисциплину и организованность и умелое выполнение боевых задач 7-я Эстонская стрелковая Таллинская Краснознаменная дивизия была преобразована в 118-ю гвардейскую. После войны генерал-майор К. А. Алликас продолжал командовать этой дивизией в ЛВО. В марте 1946 г. был откомандирован на учебу на курсы усовершенствования командиров стрелковых дивизий при Военной академии им. М. В. Фрунзе. После окончания учебы с февраля 1947 г. в ЛВО командовал 22-й отдельной гвардейской Эстонской стрелковой Таллинской Краснознаменной бригадой, с июля 1951 г. командир 118-й гвардейской стрелковой Таллинской Краснознаменной дивизии. С июня 1956 г. исполнял должность зам. командира 4-го гвардейского стрелкового корпуса ПрибВО (с 20.6.1957 г. – 4-й гвардейский армейский корпус). 4 февраля 1961 г. уволен в отставку. Воинские звания: капитан; майор; подполковник; полковник; генерал-майор (0510.1944). Награды СССР: орден Ленина (21.02.1945); 4 ордена Красного Знамени (06.03.1943; 21.09.1944; 03.11.1944); орден Александра Невского (08.12.1944); орден Отечественной войны 1-й степени (22.07.1945); медали.
