Если Стефану удавалось иногда склонить царя к какой-нибудь мере в пользу православия (в 1719 году по его внушению Петр издал указ не иначе дозволять брак лютеран с православными, как под условием воспитать детей в православии), то в общем постоянная борьба, постоянное несогласие идей Стефана с тем, что творилось высшим духовным управлением, глубоко его угнетали. Смелый, благородный, откровенный, он говорил правду Петру, окруженному протестантами, которые за это и ненавидели его, как непримиримого, стойкого врага.
По словам апостола, «невзирая на лица», в пастырской деятельности своей Стефан, если видел что неправильное, несоответственное достоинству Помазанника в действиях Петра, то не страшился обличать его. Так, во время тяжкого недоразумения, столь прискорбно кончившегося, с царевичем Алексеем, на 17 марта, на память святого Алексия, человека Божия (день именин царевича, находившегося тогда за границею), Стефан в слове своем коснулся современных событий и довольно резко, в весьма прозрачных намеках, осуждал семейную жизнь Петра и жалел царевича. Вот это смелое место: «О! Угодниче Божий, не забуди и тезоименинника твоего и особенного заповедей Божиих хранителя и твоего преисправного последователя. Ты оставил еси дом свой – он такожде по чужим домам скитается. Ты удалился от родителей – он такожде. Ты лишен рабов, слуг, подданных, другов, сродников, знаемых – он такожде. Ты человек Божий – он такожде раб Христов. Молим убо, святче Божий: покрый своего тезоименинника, едину нашу надежду». А вот слова, ясно намекающий на Петра: «Море свирепое, море – человече законопреступный: почто ломаеши, сокрушавши и разорявши берега? Берег есть закон Божий; берег есть – во еже не прелюбы сотворити, не вожделети жены ближнего, не оставляти жены своея; берег есть во еже хранити благочестие, посты, а наипаче четыредесятницу; берег есть почитати иконы».
Быть может, это неполное сочувствие Стефана деятельности Петра раздражало Петра еще больше, чем молчаливое неодобрение Адриана. Адриана, человека неглубокого образования, можно было обвинить в рутине, тогда как Стефан был человек больших дарований, большого ума, глубокого европейского образования, человек выдающийся, блестящий, но вместе – человек, знавший во всем меру, чего так не хватало во всю жизнь Петру. И к концу жизни Стефана местоблюститель патриаршего престола и вознесший его по собственному выбору царь совершенно, кажется, не понимали друг друга.
Царь находил, что Стефан недостаточно деятелен, и обвинял его в распущенности духовенства, во множестве празднобродящих попов и монахов, в существовании кликуш и юродивых, встречавшихся весьма часто, во множестве