Главным проводником антирелигиозной политики стал в это время новый выдвиженец Жданова Михаил Суслов – он одновременно возглавил два отдела ЦК партии, международный и идеологии и пропаганды. В 1949 году он представил Сталину доклад, что Православная Церковь сыграла свою роль во время войны, теперь надобность в ней отпала. Религия подрывает устои коммунистической идеологии, играет на руку противникам. Да и возможность пополнить казну за счет Церкви выглядела не лишней. Поэтому предлагалось послабления прекратить и начать новую кампанию гонений. Суслова поддержала часть Политбюро. Сталин такие предложения решительно отверг. Но и богоборческие тенденции по каким-то своим соображениям не осудил, их авторов не взгрел, как он это умел, не объявил каким-нибудь «левацким уклоном».
А Суслов и его сторонники стали пользоваться именно тем, что никаких официальных постановлений по данному вопросу нет. Когда местные руководители запрашивали Москву, как им относиться к Церкви, Отдел агитации и пропаганды ЦК разъяснял – курс партии в отношении религии остается прежним. В школах восстановилось строго атеистическое воспитание. Снова происходили аресты священнослужителей. Не за их богослужебную деятельность, а по «политическим» статьям. Ежова давно уже не было на свете, но министром госбезопасности стала подобная ему личность, Абакумов. При нем использовались прежние методы: «сексоты» в храмах внимательно слушали проповеди, выискивая, к чему можно прицепиться. Раскручивались дела по доносам. А вместо «троек» приговоры без суда выносило Особое совещание. Будущий Старец Иоанн (Крестьянкин) попал в лагеря уже после войны, когда никаких религиозных преследований как бы и не было.
Начали закрывать и некоторые храмы. Исподтишка, под теми или иными «частными» предлогами. Особенно это коснулось церквей, которые в годы войны были открыты на оккупированных территориях – то есть без разрешения советской власти. К ним придирались, что они действуют незаконно, а для регистрации ставили препоны. Однако более масштабным кампаниям мешал председатель Совета по делам РПЦ Карпов – он стал уже генерал-майором госбезопасности (хотя числился «в резерве МГБ»), спорить с таким было трудно. Действовал он в рамках постановления Совнаркома 1944 года, запрещавшего закрывать храмы без согласования с Советом по делам РПЦ. А Карпов согласия не давал. Позже он признался в частном разговоре: «Сталин поставил передо мной задачу оберегать Церковь, и я выполнял ее».
Его пробовали свалить, на него сыпались доносы. Писались