Будущее разделение славянского мира было основано, конечно, на чем-то гораздо более важном, чем простая разница в алфавитах. В связи с Великой схизмой этому суждено было стать глубоким религиозным отличием между греко-православными и римско-католическими славянами. Однако следует помнить, что во времена Константина и Мефодия, признанных святыми и греческой и римской церквями, раскол еще не завершился, так что эти два славянских апостола, как их называют обе церкви, могли одновременно оставаться верными Фотию, приверженцами которого они были в Византии, и римским папам, с которыми у патриарха время от времени случались конфликты.
Даже Фотий не мог сомневаться в том, что территория, на которой по приглашению Ростислава они начали свою работу со следующего года (863), с точки зрения церкви находилась не под Константинопольским патриархатом, а непосредственно в подчинении Риму. Поэтому было исключительно важно получить и у пап разрешение на использование славянского языка в литургиях и разъяснение статуса двоих братьев в общей церковной организации. В обоих отношениях они столкнулись с серьезными трудностями, которые, однако, возникли не из-за их греческого происхождения и противодействия Рима, а из-за враждебного отношения германского духовенства и отчасти из-за недостаточной поддержки со стороны моравских правителей.
Уже при Ростиславе – их главном защитнике – им препятствовали не только баварские миссионеры, действовавшие среди славян до появления этих двух греков, но и особенно архиепископ Зальцбургский и епископ Пассау, которые заявляли свои права на всю территорию Великоморавской державы как свои епархии. Эти притязания, безусловно, имели поддержку правителя Восточно-Франкского королевства, который хотел создать там территориальную церковь под властью архиепископа из метрополии, который тесно взаимодействовал бы с королем и укреплял бы его политическую власть над славянскими правителями. Однако такой подход был вызовом не только Ростиславу, но и римскому папе, которого тревожил альянс между светской властью и местными архиепископами во многих европейских странах. В случае недавно обращенного в христианство Моравского государства папа римский больше предпочитал видеть там миссионерскую церковь исключительно под своей собственной властью.
Главным аргументом, который германское духовенство использовало в Риме, была мнимая опасность замены (как это сделали Константин и Мефодий)