Наркомата ВМФ по сухопутным и береговым частям. С декабря 1940 по февраль 1941 г. исполнял обязанности начальника строевого отделения курсов подготовки начсостава запаса ВМФ, затем вернулся на прежнюю должность. С началом Великой Отечественной войны полковник В. К. Зайончковский в июле 1941 г. был назначен командиром 1-й отдельной курсантской бригады военно-морских учебных заведений. После ее расформирования в сентябре переводится командиром 5-й отдельной бригады морской пехоты КБФ. В апреле 1942 г. командовал особой группой по захвату островов в Финском заливе. В том же месяце при налете авиации противника он был тяжело ранен и эвакуирован в госпиталь в Ленинград. После выздоровления в октябре назначен командиром 291-й стрелковой дивизии, которая в составе 23-й армии находилась в обороне на Карельском перешейке на Выборгском шоссе в районе Новый Белоостров. В начале декабря дивизия была переброшена на правый фланг армии, где заняла оборону в полосе западнее Ладожского озера, Лепсари, Большое, ст. Ручьи. С 10 февраля 1943 г. она была выведена в резерв Ленинградского фронта. С 12 марта дивизия вошла в 55-ю армию и с 19 апреля заняла оборону на правом берегу р. Нева. В январе 1944 г. она была передана 42-й армии и в составе 123-го стрелкового корпуса участвовала в Ленинградско-Новгородской, Красносельско-Ропшинской наступательных операциях. Приказом ВГК от 27 января 1944 г. за отличия в боях при освобождении г. Гатчина ей было присвоено наименование «Гатчинская», а за овладение г. Красное Село и успешное развитие наступления Указом ПВС СССР от 22 марта 1944 г. она награждена орденом Красного Знамени. С 21 марта дивизия была передана 67-й армии, а с 24 апреля вместе с ней вошла в 3-й Прибалтийский фронт. С 22 июля она участвовала в Псковско-Островской, Тартуской, Прибалтийской наступательных операциях. 17 сентября ее части были выведены на формирование в район Рапино, а через два дня дивизия вошла в резерв Ставки ВГК. В конце октября – начале ноября она была передислоцирована в Архангельский ВО (г. Онега), затем в декабре – начале января 1945 г. переброшена в Польшу и сосредоточена в районе Сендзишув. С 22 января 1945 г. дивизия в составе 21-й армии 1-го Украинского фронта участвовала в Висло-Одерской, Сандомирско-Силезской, Нижнесилезской и Верхнесилезской наступательных операциях. За умелые действия в боях за очищение Домбровского района, овладение г. Беутен и развития наступления она была награждена орденом Кутузова 2-й ст. На заключительном этапе ее части принимали участие в Пражской наступательной операции. После войны генерал-майор В. К. Зайончковский с июля 1945 г. исполнял обязанности уполномоченного Военного совета ЦГВ по пересылке репатриированных и демобилизованных в румынском г. Сигет. В декабре 1946 г. был прикомандирован к Военной академии им. М. В. Фрунзе для использования на преподавательской работе. В ее составе был преподавателем по оперативно-тактической подготовке тактическим руководителем учебной группы, с октября начальником курса основного факультета. С марта 1949 г. переведен начальником военной кафедры Ленинградского технологического института им. В. М. Молотова, с января 1952 г. Ленинградского инженерно
