Последние десять лет жизни (1890–1899) Василий Григорьевич особенно много сил и внимания отдавал научно-организационной работе. Как главный редактор «Журнала Министерства народного просвещения» (с 1890 года), он значительно повысил научный уровень публикуемых на его страницах исследований по истории. В. Г. Васильевский был основателем и редактором журнала «Византийский временник» (1894–1899) – первого и единственного в дооктябрьской России специального научного издания Академии наук по истории. В 1994 году научная общественность торжественно отметила 100-летний юбилей журнала.
Василий Григорьевич Васильевский скончался в 1899 году во Флоренции, где находился на лечении. Он оставил яркий след в памяти и судьбах людей, которые с ним встречались, о чем свидетельствуют воспоминания коллег и учеников. В этом отношении показательно мнение Л. Н. Майкова, который многие годы был близко знаком с Василием Григорьевичем: «Да, скромность, поистине феноменальная, и полнейшее желание не выставлять свою личность на показ служили отличительной чертой его характера. А между тем, в ряду учено-литературных деятелей того литературного поколения, к которому он принадлежит, мало можно назвать людей столь же богато одаренных и умевших так же плодотворно употребить свои дарования на пользу русской науки и просвещения».[15]
Университетский курс лекций В. Г. Васильевского по истории средневековой Европы до 1917 года в полном виде типографским способом не был опубликован, хотя многие выпускники университета высказывали такое пожелание. Научные исследования Василия Григорьевича свидетельствуют о том, что он предъявлял к себе как ученому высокие требования. Его работы написаны прекрасным литературным языком и с интересом читаются не только профессионалами-историками. Столь же строго он подходил к возможности появления в широкой печати своих университетских чтений. Для «Журнала Министерства народного просвещения» Васильевский подготовил большую статью «Вопрос о кельтах» (1882–1883), которая представляла собой основательную переработку фрагмента из первой части общего курса. Он хотел публиковать лекции именно в таком виде – обновленными и дополненными новым материалом. Однако замысел остался неосуществленным.
После 1917 года положение в российской науке изменилось. Ряд причин, которые следует отнести к разряду мировоззренческих, и утвердившиеся в связи с этим историографические подходы вели к упрощенной оценке научного наследия ученых дооктябрьской России. В обобщающих