На церемонию коронации Фридрих II явился в сопровождении верных ему архиепископов Палермо и Капуи. Однако они не могли венчать его на царство, ибо, согласно чину Священного коронования, принятому в Святой Земле, церемонию коронации должен был провести лично Патриарх Иерусалимский или же его делегат. Между тем, Патриарх отклонил императорское приглашение. Поэтому вместо Патриарха мессу отслужил «брат-священник» Тевтонского Ордена Приснодевы Марии. Император Фридрих сам взял в руки лежавшую на алтаре корону королей Иерусалимских и возложил ее на свою главу «в честь и во славу Предвечного Царя» (предвосхитив аналогичный поступок Наполеона I Бонапарта при короновании последнего императором французов).
При коронации Фридриха II королем Иерусалимским в 1229 г. рыцарям Тевтонского Ордена была дарована почетная привилегия нести охрану Гроба Господня (ранее дарованная госпитальерам-иоаннитам). Из-за своей безоговорочной поддержки своевольного императора из династии Штауфенов Тевтонский Орден попал в сложную ситуацию. Впрочем, в 1230 г. папское отлучение с римско-германского императора было снято, а Патриарх Святого Града (пусть и задним числом) подтвердил его титул короля Иерусалимского.
Глубоко уязвленный враждебным отношением к нему иерусалимских знати и клира, Фридрих Гогенштауфен в скором времени опять отбыл в Аккон, а оттуда – через Кипр – в Италию, где наголову разгромил войска папских сторонников-гвельфов. В борьбе с противниками своей власти Фридрих действовал не менее безжалостно, чем его древнеримские предшественники. Всякое непокорство он воспринимал, как нарушение своих священных прав, и немедленно вводил в действие свою беспощадную сарацинскую гвардию. До нас дошел один из приказов, отданный императором Фридрихом II начальнику этой гвардии, направленной им против мятежного итальянского города Гаэты:
«Доверяя вашей искренней и стойкой верности, которую Мы при всех обстоятельствах считаем надежной, сочли Мы за благо поручить вам ведение войны против Гаэты и отмщение как городу, так и его жителям, изменившим Нам. Повелеваем вам, под страхом лишения вас Нашего благоволения, подступив к городу, прежде всего незамедлительно и со всей непреклонностью уничтожить все виноградники и плодовые сады. После чего надлежит вам, в целях приведения всей области к покорности, днем и ночью неукоснительно