С течением времени условия работы отца в КИРФАН ухудшились. Он, как всегда, совершенно открыто всюду высказывал свои мысли по научным вопросам, и во Фрунзе очень скоро стало известным его резко отрицательное отношение к теоретическим высказываниям Т.Д. Лысенко и его единомышленников. Отношение к отцу со стороны многих руководящих деятелей КИРФАНа круто изменилось к худшему. Особенно тяжкой стала для него служебная ситуация после 1948 года (печально известной сессии ВАСХНИЛ), когда стало очевидным, что из Киргизии надо уезжать.
VI. Ульяновск
Отец написал в Москву в Управление высшей школы просьбу о предоставлении ему профессорской должности в любом ВУЗе страны, кроме Москвы и Ленинграда (последняя оговорка объясняется отрицательным отношением отца к жизни в столицах вообще). Он получил несколько предложений, в том числе и Ульяновск. Он выбрал Ульяновск – у него сохранились воспоминания о том, как они с Блиссом были там однажды и стояли на Венце, любуясь Волгой и Заволжьем. Отец сказал себе тогда, что хорошо бы было ему на закате жизни поселиться именно в Ульяновске. И вот он переехал туда, став заведующим кафедрой зоологии Ульяновского педагогического института. В этой должности он проработал с 1950 по 1955 год. Читал зоологию беспозвоночных, гистологию и эмбриологию, специальные предметы. Прожил он в Ульяновске до самой смерти, всего 22 года. В 1955 году ему исполнилось 65 лет, и он решил уйти на пенсию, чтобы иметь возможность отдать все силы и все время работе по собственному плану над вопросами теоретической биологии и философии, разработка которых была целью его жизненного пути. Во время работы в Педагогическом институте у него не раз возникали трения с администрацией, но именно годы, проведенные в Ульяновске, оказались самыми плодотворными для научной работы отца. Он был там окружен дружеским вниманием учеников и коллег, видел преданность и верность и – самое главное – интерес к его идеям. В Ульяновске у него появились новые друзья, многие были с ним до конца жизни и проводили его в последний путь.
Выйдя на пенсию, отец продолжал исследования по теоретической биологии, начало которым было положено в ранней юности – когда была поставлена задача создать естественную систему организмов. Накопленный материал ждал обработки. Отец составил план, разделенный на пятилетия. Эти планы сохранились в его дневниках. Он должен был обработать и закончить стройную систему естественных форм. Он начал и полагал, что успеет окончить книгу «Линии Демокрита и Платона