Для организации борьбы с белочехами в Уфу из Москвы выехал председатель Высшей военной инспекции Красной армии Н. И. Подвойский. В последних числах мая он сосредоточил в своих руках руководство всеми операциями на чехословацком фронте. Через два дня после захвата Пензы чешскими легионерами (в советской литературе их именовали «белочехами») была занята Сызрань, и стало понятно, что их следующей целью является Самара. Город объявляется на осадном положении. Ситуация обострялась тем, что наиболее боеспособные части были направлены из Самары в помощь Оренбургу. Оборону города взял на себя начальник гарнизона М. С. Кадомцев. Ему удалось собрать сводный отряд численностью около 2500 человек, который был, выдвинут в район станции Липяги в 15 км юго-западнее Самары. Описанию боя под Липягами 4 июня 1918 года в последнее время посвящено огромное количество публикаций, начиная от работ чешских историков и заканчивая исследованиями местных краеведов, поэтому проводить здесь подробный анализ сражения, представляется излишним. Со стороны бело-чехов в бою принимали участие три батальона 4-го стрелкового полка и один батальон 1-го стрелкового полка, а так же запасной батальон общей численностью в 1600 солдат, при 25 пулеметах, 5 орудиях и бронепоезд. Командование осуществляли сам поручик С. Чечек, командир Пензенской группы и командир 4-го полка поручик Ян Гаер.
Схема сражения за Бузулук 24–26 июня 1918 г. из чешского военного архива.
Существует общее мнение, что одним из основных факторов разгрома красных отрядов явился крайне неудачный выбор ими оборонительной позиции. Чехословаки предприняли отвлекающий маневр, ударив в центр линии обороны красных, одновременно обойдя через лес их правый фланг и атаковав артиллерийские позиции с тыла. Красноармейцы не успели развернуть орудия и были вынуждены их бросить. Бронепоезд «Орлик»[5] при поддержке пехотных цепей продвигался по железнодорожной ветке в сторону станции. Решающую роль в победе чехов под Липягами сыграла штыковая атака 1-й роты 4-го полка, в результате которой был полностью смят правый фланг красных. Дольше всех продержались отряды моряков и латышей, оборонявшиеся в районе станции и кладбища.
Первый чехословацкий бронепоезд «Орлик», лето 1918 г.
Потери советских войск были ужасающими. По данным источников только убитыми красные потеряли около 1300 человек. Большое количество бойцов утонуло, пытаясь переплыть разлившуюся после половодья реку Татьянку. Погиб командир отряда М. С. Кадомцев. Потери легионеров чешские историки оценивают в 30 человек убитыми и около 90 ранеными. Во время боя был смертельно ранен командир 4-го чешского стрелкового полка Ян Гаер.
После того как в Самару пришло известие о разгроме под Липягами в городе началась эвакуация. Подвойский попытался организовать оборону Самары, куда прибыл 5 июня, но было уже поздно. Ключом к обороне города он справедливо посчитал железнодорожный мост