Операция «Вторжение F014» начинается в сочельник 1999 года. После событий на Аутер-Хэвен Снейк отошел от дел, но ради этой особой операции «Гончие» возвращают его в строй. Игра начинается с того, как Снейк поднимается на вершину утеса на краю базы в Центральной Занзибарии – он только что взобрался по нему, чтобы попасть на базу незамеченным. Чтобы осмотреться и отчитаться руководству, он прячется за какими-то ящиками. Вход на базу загорожен, а вокруг ходят патрульные, но он находит дыру в решетке и таки пробирается внутрь. По пути ему проводит брифинг полковник Рой Кэмпбелл – новый командир «Гончих», занявший место Биг Босса. Снейк ищет некоего доктора Кио Марва, изобретателя чудесного микроорганизма OILIX.
С точки зрения угроз Занзибария не очень отличается от Аутер-Хэвен: на пути игрока вновь встают патрульные, лазерная сигнализация и двери, требующие карт доступа. Снейк вновь начинает без оружия и собирает все необходимое прямо в ходе миссии, прибегая к помощи местных союзников, у которых свои причины противостоять разбойному государству. Один такой союзник – красивая девушка по имени Холли Уайт[35]; она приехала в Занзибарию как журналистка и хочет помочь Снейку найти доктора Марва. Чтобы выполнить эту задачу, ему нужно одолеть местную команду элитных убийц.
Первый из них прибегает к старому фокусу: притворившись бедным доктором, он с помощью передатчика пытается заманить Снейка в ловушку. Когда он срывает маску, мы видим, что это ниндзя-ассасин с киберимплантами, которого зовут Блэк Колор (Black Color – «черный цвет»). Он принадлежит к экспериментальному отряду суперсолдат, созданному NASA[36], и глумится над устаревшими методами «Гончих». В бою Блэк Колор телепортируется по помещению и швыряет в Снейка сюрикенами, так что его нельзя достать в рукопашном бою – и даже выстрелить в него сложно. Но Снейк все же находит правильную тактику и наносит врагу смертельную рану. Блэк Колор падает – и энергичная боевая музыка затихает; вместо нее звучит новая, печальная мелодия. Он впервые обращается к Снейку лично, а не называет его «Гончей», как раньше. Снейк недоумевает: откуда этот загадочный ниндзя знает, кто он такой? Умирающий объясняет, что он – не кто иной, как Кайл Шнайдер, глава сопротивления, который еще в Аутер-Хэвен пытался раскрыть Снейку тайну Биг Босса, прежде чем на него напали и связь прервалась!
Изумленный Снейк спрашивает, почему люди Биг Босса не убили Шнайдера. Тот отвечает, что Снейк очень наивен: убить сопротивленцев