Страх, который охватил ближайшее окружение императора осенью 1905 года, постепенно прошел, изменилось и отношение к Манифесту. 16 февраля 1906 года на царскосельских совещаниях С. Ю. Витте доказывал, что в России конституции нет и государь вправе взять обратно все дарованные им права. Даже весьма консервативные чиновники, участвовавшие в совещаниях, не поддержали премьера. «Не подлежит… никакому сомнению, что Россия будет управляться по конституционному образцу», – утверждал К. И. Пален. С ним соглашались и другие. Но именно Витте был ближе всех к пониманию позиции императора. В конце февраля 1906 года, принимая одну из делегаций, царь уверенно заявлял: «Я не потерплю никакого умаления самодержавия».
9 апреля 1906 года Николай II поделился с участниками царскосельских совещаний своими сомнениями относительно привычного определения самодержавной власти как неограниченной: «Имею ли я перед моими предками право изменить пределы власти, которую я от них получил?» Но в самый последний момент работы совещаний император, во многом под давлением высших сановников империи, согласился исключить слово «неограниченный» из Основных законов. И все же, при наличии конституционных учреждений, он оставался самодержцем.
Статья 86 Основных государственных законов определенно заявляла о законодательных полномочиях Думы: «Никакой новый закон не может последовать без одобрения Государственного совета и Государственной думы и восприять силу без утверждения государя императора». И все же все точки над «i» так и не были расставлены. Правовая система России напоминала слоеный пирог, в котором уживались нормы и институты разных эпох. Новое чаще всего не упраздняло старое, а лишь добавлялось к нему, так что описанная конструкция власти думского периода не дает верного представления о ее характере. Здесь особенно важны детали, где, как обычно, и скрывается дьявол.
Многие особые прерогативы императора восходили к прежним, дореформенным временам. Так, он имел исключительное право создавать и упразднять министерства и прочие высшие административные учреждения, распределять между ними обязанности. Только император определял порядок пожалования титулов и орденов. Исключительно от его имени заключались международные договоры, объявлялись война или мир.