Сам же городок Торунь вошёл в состав Речи Посполитой всего за несколько лет до рождения Коперника, до этого же город носил имя Торн и был частью Пруссии, принадлежавшей Тевтонскому Ордену.
И тут возникает вопрос об этнической принадлежности Коперника.
Мать его была немкой (Barbara Watzenrode, национальность отца неясна, однако известно, что он был уроженцем Кракова.
Тем самым, этнически Коперник был немцем или наполовину немцем, хотя сам он, возможно, считал себя поляком (по территориально-политической принадлежности).
В семье Коперника, кроме Николая, были ещё трое детей: Андрей, впоследствии каноник в Вармии, и две сестры: Барбара и Катерина.
Барбара ушла в монастырь, а Катерина вышла замуж и родила пятерых детей, к которым Николай Коперник был очень привязан и заботился о них до конца своей жизни
Начальное образование Н. Коперник получил в школе при костёле святого Яна. После смерти во время чумы отца, все заботы о племяннике принял на себя его дядя – епископ Лукаш Ваченроде, брат матери.
При поддержке дяди в 1491 году Николай Коперник вместе с братом Анджеем прибыл в Краков и записался на факультет искусств местного университета. поступил в Краковский университет, где с одинаковым усердием изучал математику, медицину и богословие, но особенно его привлекала астрономия.
Именно здесь, по словам летописца XV в. "больше всех наук процветает астрономия". В Кракове Копернику удалось купить две печатные книги. Одна – "Начала" Эвклида с трактатом "Полная замечательная книга о предсказаниях по звездам".
Другая – астрономические таблицы короля Альфонса Кастильского. Эти два тома сопутствовали Копернику всю жизнь, оба они сохранились до нашего времени. На их полях рукой ученого сделаны надписи, расчеты, приведены изречения древних авторов.
Ко времени поступления Коперника в Краковский университет основными «астрономическими светилами» там были Ян из Глогова и его ученик Войцех (Альберт) из Брудзева (Брудзёвский).
Ян из Глогова уточнил географические координаты Кракова, составил большое количество пособий по различным разделам астрономии, в частности написал введение к трактату о сфере Сакробоско, толкование астрономических таблиц для краковского меридиана, описание 48 созвездий, введение в космографию (объяснение географии Птолемея).
Он не чуждался и астрологических занятий – начиная с 1475 г. почти ежегодно составлял астрологические прогнозы и даже написал трактат под названием «Краткое убеждение, что изучение астрологии не противоречит христианской религии».
Философский факультет, или факультет свободных искусств, был в тогдашних университетах по существу подготовительным. Окончивший его получал степень магистра искусств (magister artium) и право поступления на один из старших факультетов: теологический, юридический со специальностями церковного (канонического) и гражданского права или же медицинский.