К 1253 г. восстание пруссов было подавлено «марианами» и пришедшими им на помощь крестоносцами. Не располагая осадной техникой, повстанцы оказались не в состоянии овладеть орденскими замками и вытеснить «тевтонов» из Пруссии, лишив их опорных баз.
В 1254 г. в Пруссию прибыло многочисленное крестоносное ополчение под командованием богемского короля Оттокара II Пшемысла, маркграфа Оттона Бранденбургского и графа Рудольфа Габсбургского (которому, по велению судьбы, было суждено впоследствии разгромить и убить Оттокара в борьбе за престол «Священной Римской империи»).
Крестоносцы замирили прусские племена севернее р. Прегеля (Преголи) и заложили на высоком холме («горе») близ реки крепость Кенигсберг, назвав ее «Королевской горой» в честь короля Оттокара.
В 1260 г. пруссы снова восстали и осадили Кенигсберг.
В январе 1292 г. на помощь осажденным пруссами в Кенигсберге «тевтонам» из Германии по морю прибыл отряд европейских рыцарей-крестоносцев, разбитых пруссами и вынужденных возвратиться.
13 июля 1263 г. пруссы разгромили отряд «тевтонов» и их союзников в битве при Лебау (Любаве). Сорок рыцарей полегло на поле боя.
В 1265 г. крупный отряд европейских крестоносцев под командованием герцога Брауншвейгского и ландграфа Тюрингского снял, наконец, осаду с Кенигсберга и способствовал переходу «мариан» в наступление.
К 1283 г. все уцелевшие к тому времени прусские вожди присягнули на верность Тевтонскому ордену Святой Девы Марии. Этот год считается годом окончательного замирения Пруссии. Первоначально «тевтоны» оставляли простым пруссам их свободу, а знатным – их привилегии (если пруссы принимали Крещение). У отказавшихся креститься конфисковали имущество, а самих изгоняли. Во время и после восстаний пруссы были поставлены вне закона. Многих из них убивали, а тех, кто остался в живых, обращали в рабов – «дреллов» (нем.: Drellen) или расселяли по другим землям. Кроме того, орден Приснодевы Марии постоянно мобилизовал прусских мужчин в свое войско на время походов.
В то же время, очень многие вожди местных племен принимали Христианство совершенно добровольно и активно участвовали в военных походах Тевтонского ордена. Орден Девы Марии весьма ценил их за верную службу и старался по достоинству вознаградить. Как правило, в качестве награды отличившимся неофитам предоставлялись земельные наделы, освобождение от податей и т.д. Поэтому с течением времени даже те из пруссов, куршей, ливов, леттов, латгалов, земгалов (семигалов) и эстов, кто поначалу оказывал ордену активное сопротивление, постепенно смирялись с положением вещей и начинали ему служить. Немалую часть орденского войска составляли воины-прибалты, принявшие Христианство или склоняющиеся к его принятию.
В орденских хрониках историков Петра из Дусбурга, Иоганна (Иоганнеса, Иоанна) из Посильге (Посилие), кенигсбергского