Ночью приступы возобновились. Неприятель зажег ворота. Самаркандские ворота удалось потушить и устроить в них амбразуру, через которую били по атакующим картечью, но бухарские ворота пришлось разрушить, выстроив за ними завал, за которым поставлено и орудие.
В 4 часа утра 3 июня штурм возобновился во всех пунктах. Неприятель, бросившийся к Самаркандским воротам с горящими головнями, мешками пороха успел снова зажечь их и частью разрушить. Ворота заложили мешками с землей. Атакующие, встреченные картечью, ручными гранатами и ружейным огнем, несмотря на несколько раз повторенные попытки, не могли проникнуть внутрь.
В 5 часов утра неприятель ворвался в довольно больших силах в пролом левее Бухарских ворот, но, встреченный гранатами и дружным ударом в штыки, отступил.
В 10 часов утра большие силы неприятеля одновременно ворвались в цитадель с двух сторон: с западной, против провиантского склада, и с восточной, в пролом правее Самаркандских ворот. Внутри цитадели завязался горячий бой. Больные и легко раненые, оставив госпиталь, бежали к провиантскому складу и умирали в рукопашном бою. Музыканты, фурштаты, писаря вели неравную борьбу с неприятелем. Подоспевший общий резерв решил бой в нашу пользу.
Противник был опрокинут к стене и сброшен с нее. Ворвавшихся в пролом у Самаркандских ворот встретил храбрый Шеметилло. Искусно укрыв свою роту, он зорко наблюдал за действиями противника. Вот, оттеснив наших стрелков, на проломе показались сперва одиночные люди, затем десятки неприятеля. Солдаты роты Шеметилло рванулись вперед. Шеметилло остановил их словами: «Пусть войдут!..» И действительно, только когда их спустилось большое число, он неожиданным ударом в штыки быстро переколол уже торжествовавших успех сартов.
В 11 часов утра новая сильнейшая опасность угрожала нам со стороны Бухарских ворот. Толпы фанатиков пошли на отчаянный приступ завала перед воротами и на стену по сторонам их. Они лезли, цепляясь железными кошками, надетыми на руки и на ноги, подсаживая друг друга. Защитники завала, на половину перебитые, пришли в замешательство, особенно когда пал убитый на орудии храбрый поручик Служенко, кричавший, умирая, «ура! братцы! пли!» Уже наше орудие было во власти противника, уже его повернули, чтобы тащить из ворот, но Назаров был близко. Собрав и ободрив защитников, остановив отступавших, подкрепив их несколькими десятками слабых и казаков, составлявших частный резерв участка, Назаров бросился во главе всех в штыки, опрокинул неприятеля и, увлеченный успехом, преследовал его за ворота по улицам города.
Попытка противника проникнуть у кладбища тоже не имела успеха.
В 5 часов пополудни повторился общий штурм, отбитый на всех пунктах. Преследуя противника, нам удалось выбить его из прилежащих к стене саклей и зажечь их. Второй день стоил храбрым защитникам Самарканда 70 человек