После воссоединения с Православной Церковью в ноябре 1923 г. уклонявшейся в обновленчество братии Александро-Невской Лавры, иеромонах Нектарий вновь стал насельником обители. Епископ Кронштадтский Венедикт (Плотников), ставший после ареста Владыки Мануила (Лемешевского) временно управляющим Ленинградской епархией, высоко оценил верность о. Нектария Православию и в феврале 1924 г. назначил его благочинным монастырей и монастырских подворий «северной столицы», возведя в сан архимандрита.
Почти весь 1924 г. – с февраля по декабрь – о. Нектарий также окормлял оставшееся в результате репрессий без руководителей Александро-Невское братство. В частности, профессор Н.А. Мещерский позднее вспоминал о событиях весны 1924 г.: «Второй раз я попал на братскую службу в Фомино воскресенье… На другой день хоронили мать Екатерину (Князеву)… Ее отпевали в Александро-Невской Лавре, в Федоровской церкви… Отпевал ее о. Нектарий (выпускник Киевской Духовной Академии, украинец в братии Александро-Невской Лавры), так как никого из братских отцов не было, и он окормлял братство»[247].
3/16 июня 1924 г. архим. Нектарий был хиротонисан в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры епископами Венедиктом (Плотниковым), Григорием (Лебедевым), Иннокентием (Тихоновым) и Кириллом (Васильевым) во епископа Велижского, викария Полоцко-Витебской епархии. Известный в городе на Неве прот. Александр Лебедев так описал в своих записях наречение будущего Владыки: «Преосв. Венедикт пригласил меня принять участие в наречении архим. Нектария… На кафедре поставлены два кресла и аналой перед кафедрой. Два иподиакона, два архим. (Николай и Антоний) с Евангелием, за ними преосв. Венедикт в малом облачении и преосв. Григорий в мантии и архидиакон. Царские врата затворяются. Иеромонах Виссарион с крестом и диакон со святой водой из боковых дверей. Протоиереи Богоявленский и Чуков, архимандриты Алексий и Серафим, которые и выводили архим. Нектария. Вначале, до наречения, пришел в алтарь Преосв. Кирилл Любанский и, наскоро надев архимандричью мантию, вышел для участия в наречении. Архим. Нектарий взял у Преосвященных благословение, потом архим. Алексей, получив благословение у Преосв. Венедикта, прочитал указ о назначении архим. Нектария епископом. Молебен по чину. После отпуста архим. Нектарий сказал прекрасное слово. Потом многолетия одному нареченному. После многолетия – ко кресту и св. воде. Народу было много»