Надо заметить, что эта программа вызвала гнев греческого патриарха Досифея, заявившего, что рано или поздно она приведет к тому, что светские политики, дипломаты и предприниматели возьмут контроль над церковью, ведь они все не хуже будут разбираться в богословских вопросах и победят количеством. Иначе говоря, то, что университет в Москве был практически ориентированным, прикладным, даже для грека, соотечественника Лихудов, казалось нарушением не только академических, но и церковных свобод. В 1701 году Петр I ввел подготовку медиков в программу академии, и с этого момента начинается уже большая история университетского образования в России нового времени.
Как профессора и студенты вместе создают философское знание
На Западе постепенное возникновение наций в эпоху нового времени сразу сказалось на задачах университета. Так, в 1661 году французский министр кардинал Джулио Мазарини учредил Коллеж Четырех Наций. Дело в том, что по результатам Вестфальского (1648) и Пиренейского (1659) мирных соглашений к Франции были присоединены Артуа, Эльзас, Пиньероль и Руссильон – пограничные земли с германским, испанским или фландрским влиянием. Кардинал Мазарини решил, что дети аристократов, живущих на этих землях, должны учиться только в этом Коллеже и тем самым приобретать парижские привычки, общаться друг с другом и показывать, что для их дружбы вся Франция едина как никогда. И как кардинал и министр Ришелье, отстроивший Сорбонну, похоронен в часовне Сорбонны, так и кардинал и министр Мазарини похоронен в часовне этого своего Коллежа, ставшего примером университета для единства расширяющейся страны.
Эпоха Просвещения создала свой тип университета, образцом которого был Гёттингенский университет, открытый курфюрстом и будущим королем Великобритании Георгом-Августом в 1734 году. В этом университете большинство студентов специализировались по юриспруденции, но при этом все они изучали философию и основы естественных наук. Особенностью этого университета была огромная библиотека, куда закупались книги по всем отраслям знания, в то время как в других немецких университетах в библиотеке были в основном учебники и комментируемые тексты. Также при университете сразу были устроены обсерватория, анатомический театр, были созданы коллекции минералов, растений и прочих вещей, которые до этого были дворцовыми коллекциями, так как считалось, что все решения по экономике, горному делу или сельскому хозяйству принимаются все равно при дворе. Теперь в университете ставились эксперименты, а это означало, что профессора могут вырабатывать сами нормы развития разных отраслей промышленности.
В 1700 году бранденбургский курфюрст Фридрих I