Рентмейстерские конторы находились в ведении губернских и провинциальных канцелярий, Сибирского приказа и Штатс-контор-коллегии. Их подведомственность и структура регулировались Инструкцией рентмейстеру 1719 года, штатами Сибирской губернской канцелярии 1726 года, именными указами и указами Сибирского приказа. В качестве органа финансового управления они являлись губернскими и провинциальными казначействами: осуществляли прием, хранение и выдачу поступавших от разных местных учреждений и непосредственно от населения губернии и провинций денежных сборов.
При Сибирской губернской и Иркутской провинциальной канцеляриях были учреждены корчемные и соляные конторы и комиссарство. Соляная контора и соляное комиссарство находились в подчинении у Главной соляной конторы и осуществляли надзор за добычей и продажей соли, организацией ее поставок и соляными сборщиками. В Тобольске соляная контора была открыта в 1740-х годах, в Иркутске соляное комиссарство – в 1751 году119. Корчемная канцелярия, учрежденная в Москве и находившаяся в ведении Камер-коллегии, и подчиненные ей и губернским канцеляриям конторы создавались на основании указов 1751 года120. В Тобольске корчемная контора была создана в 1751 году, в Иркутске – в 1755 году121. К их обязанностям относилась борьба с корчемством.
Реорганизация местного управления в 1727 году привела к подчинению городских органов (переименованных из магистратов в ратуши) губернаторам и воеводам. Источники свидетельствуют, что такое подчинение произошло не сразу. В частности, верхотурский воевода Парфентьев не мог забрать из Верхотурской ратуши ни собранных подушных денег, ни ведомостей о полученных указах. При этом бурмистр ратуши Павел Шубников ссылался на указы Тобольского губернского магистрата «о непослушании воевоцкому правлению» до указа из Главного магистрата. Для решения вопроса потребовалось вмешательство губернской канцелярии122.
Судебные дела, начатые в городских учреждениях, но по разным причинам оставшиеся без решения, были поручены воеводам. В апреле 1728 года, в соответствии с сенатским указом от 23 января того же года, Тобольская губернская канцелярия предписывала: «которые дела касаютца тех (сибирских) городов до обывателей, те дела из ратуш при описях отдать для решения в воевоцкие и управительские канцелярии и в тех описях написать, сколько по тем надлежало быть пошлин во взятье и сполна ли взяты или сколько не взято и для чего в доимках запущины»123. Указом от 8 ноября 1729 года из Коллегии иностранных дел сибирскими властями предложено в городских делах местных жителей судить только в «криминальных» делах,