На следующем этапе в Главном правлении училищ было признано, что учения Германа, Арсеньева и Раупаха являются вредными и возмутительными против христианства и опасным для государственного благосостояния. Было принято решение удалить из университета Германа и Раупаха, запретив им преподавание в учебных заведениях Министерства просвещения. Галича по причине добровольного осознания им своей вины постановили оставить при университете, запретив ему заниматься преподавательской деятельностью.
Дело было решено передать в уголовный суд. Согласно предъявленным обвинениям профессорам грозила каторга.
На третьем этапе дело профессоров попало в Комитет министров, члены которого отклонили решение о передаче дела в уголовный суд. Н. С. Мордвинов, выразив мнение большинства членов комитета, заметил, что нужно делать различие между подозрением и преступлением, иначе можно всех чиновников отдать под суд.
Тем не менее члены Комитета министров единогласно признали учение профессоров вредным, но в отношении участи самих профессоров их мнения разделились. В результате бурных споров было решено предоставить профессорам возможность оправдаться в феврале 1822 г. перед особым комитетом, состоящим из трех членов Комитета министров.
В результате «дело университетских профессоров», начавшееся как громкий политический процесс, завершилось ничем, если не считать огромного урона, нанесенного академическим свободам. Трагическим эхом тех событий через 127 лет станет так называемое «Ленинградское дело», в ходе которого подобные обвинения будут стоить многим преподавателям нашего университета не только свободы, но и жизни. Балугьянского же в XIX в. спасло от серьезных неприятностей только то, что он пользовался покровительством царской семьи, и потому интриговать напрямую против него Рунич опасался.
Заключительный этап карьеры. После ухода из университета Балугьянский в апреле 1822 г. снова стал членом совета комиссии по составлению законов и занимался в ней делопроизводством (см.: [Коркунов, 1895]).
В конце 1825 г. на судьбе М. А. Балугьянского вновь отразилось его близкое знакомство с царской семьей. Вечером 13 декабря 1825 г. он был вызван в Аничков дворец на беседу со своим бывшим учеником великим князем Николаем Павловичем [Фатеев, 1931, с. 44]. На следующий день 14 декабря великий князь должен был взойти на российский престол под именем Николая I. Речь в этой беседе шла о том, как лучше провести работу по систематизации законодательства Российской империи. Сам факт этой беседы свидетельствовал о высоком доверии к Балугьянскому со стороны Николая I.
После вступления на российский престол император осуществил свое