Приступы малярии и большая усталость заставили Канариса просить о замене, на что Берлин дал согласие. И вот, в сопровождении испанского священника, выдавая себя за больного чахоткой, он беспрепятственно проник через южную Францию и север Италии в Швейцарию, где его арестовали на самой границе по подозрению, что он является германским шпионом. Все попытки бежать оказались тщетными, и петля была неизбежна. Тут подключился Мадрид и убедил итальянцев, что арестованный действительно чилиец. Канариса освободили, но с требованием вернуться в Испанию через Марсель на испанском пароходе. Убежденный, что в Марселе его схватит французская тайная полиция, Канарис открылся капитану корабля, что он немец. Испанец проявил себя как истый «кабальеро» и изменил маршрут, взяв курс на Картахену. В Испании он сумел отделаться от слежки, выйти на рыбачьей лодке к условленному через военную миссию в Мадриде месту встречи с немецкой подводной лодкой. Пройдя через все Средиземное море, эта лодка добралась до австрийского военного порта Пулы, и через несколько дней Канарис был в Берлине.
В сентябре 1917 г. Канарис, теперь уже капитан-лейтенант, после недолгой переподготовки на курсах подводников стал заместителем командира подводной лодки, на которой совершил дальний боевой поход. Затем он прибыл в Киль, где летом 1918 г. получил под командование новую подводную лодку «УВ-128». Выпущенная в свободное плавание, эта лодка пришла поздней осенью в Средиземное море. Но в начале октября окончательно рухнул австро-венгерский фронт, и немецкие подводные лодки, базировавшиеся на Каттаро, оказались без горючего и боеприпасов. Те, кто еще имел запас хода, прорвались через Гибралтар и Ла-Манш в родные порты. 8 ноября 1918 г. 11 таких лодок и «УВ-128» в их числе строем кильватера вошли в гавань Киля под старыми кайзеровскими флагами, а на стоявших там кораблях уже реяли красные флаги революции.
Крах империи не был для Канариса неожиданным. Но как и для всех офицеров, воспитанных в монархических традициях, 9 ноября было тяжелым потрясением[31]. Будучи монархистом, Канарис до этого не придавал большого значения тому, какая форма государственного устройства предпочтительнее, но, когда в повестку дня встал вопрос остаться верным государству, т. е. теперь – социалистическому правительству республики, или «отойти в сторону» и приобрести гражданскую профессию, Канарис пошел по первому пути, решив и дальше служить пострадавшему отечеству. Летом 1919 г. Канарис перешел в личный штаб министра рейхсвера Веймарской республики Густава Носке, где занялся комплектованием и обустройством