Генерал-лейтенант Дженисбек Джуманбеков был смещен 12 мая 1997 года с поста председателя, а его преемником был назначен 43-летний полковник Альнур Мусаев. Через неделю он стал генералом, а все заместители предыдущего председателя КНБ были отправлены в отставку. Экс-председатель в будущем так и не смог восстановить свои позиции и в 2002 году пребывал на посту советника посольства в Узбекистане. А вот его предшественники, Булат Баекенов и Сат Токпакбаев, относятся к числу «непотопляемых»: первый руководил КНБ, Совбезом, МВД, «Группой-4», Службой охраны президента; а второй – КНБ, СОПом, Республиканской гвардией, Министерством обороны, а в 2002 году – Комиссией по служебной этике и борьбе с коррупцией при президенте…
Альнур Мусаев – контрразведчик, успел поработать в МВД СССР. Он выдвинулся осенью 1994 года, когда назначенный на пост министра внутренних дел Булат Баекенов назначил его начальником Главного управления по борьбе с организованной преступностью и коррупцией. Через год он стал помощником президента; а в 1996 году он был переведен первым заместителем Сата Токпакбаева в Службу охраны президента.
Его амбиции и близость к фактическому руководителю налоговой полиции Рахату Алиеву привели к резкой политизации деятельности КНБ. Альнур Мусаев выступил с рядом обвинений в адрес премьер-министра Акежана Кажегельдина; иезуитски попытавшись дискредитировать последнего фактами сотрудничества с собственной же «конторой». Однако Акежан Кажегельдин, чьи врожденные способности к PR-акциям проявились к тому времени в полную силу, довел эти обвинения до абсурда и фактически выхолостил их суть. В бушевавшей весь 1997 год практически открытой войне администрации и парламента против правительства КНБ сыграл свою роль, додавив премьера расследованием фактов коррупции с его стороны.
Осенью 1997 года – после смены правительства – КНБ подвергся определенной реорганизации, которой столь противились все прежние руководители. Департамент разведки был преобразован в самостоятельную Службу «Барлау», подчиненную непосредственно президенту и формально уравненную с самим КНБ (шеф «Барлау» генерал-майор Женис Рыспаев, в прошлом военный контрразведчик, вошел в состав Совбеза наравне с руководителями прочих силовых структур).
1998 год вошел в историю КНБ как год многочисленных реформ. По количеству ежемесячных реорганизаций, оптимизаций и функционализаций лето 1998 года поставило до сих пор не преодоленный рекорд.
Для выхода из сложившейся ситуации и из-за ухудшения макроэкономической обстановки