Распоряжением Президента РФ от 30 марта 2000 года № 94-рп, постановлением Правительства РФ от 12 апреля 2000 года № 336 в целях совершенствования подготовки, переподготовки и повышения квалификации военных кадров в области правительственной связи и иных видов специальной связи, радиоэлектронной разведки средств связи и защиты информации и в соответствии с ФЗ «Об обороне» Военный институт правительственной связи преобразован в Академию Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия ФАПСИ).
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 25 октября 2003 года № 1545-р Академия Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации переименована в Академию Службы специальной связи и информации при Федеральной службе охраны Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия Спецсвязи России).
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 15 ноября 2004 года № 1450-р Академия Службы специальной связи и информации при Федеральной службе охраны Российской Федерации переименована в Академию Федеральной службы охраны Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия ФСО России).
Другое учебное заведение, где готовили специалистов для ФАПСИ, – Воронежское военно-техническое училище ФАПСИ (Воронежское ВТУ ФАПСИ). Оно вело подготовку специалистов со средним профессиональным образованием по следующим специальностям:
Сети связи и системы коммутации;
Многоканальные телекоммуникационные системы;
Радиосвязь, радиовещание и телевидение.
Срок обучение 2 года 6 месяцев. По окончании училища присваивалось воинское звание «прапорщик».
Структура центрального аппарата военной разведки:
Первое управление – страны Европы;
Второе управление – Северная и Южная Америка, Англия, Австралия, Новая Зеландия;
Третье управление – страны Азии;
Четвертое управление – африканские страны;
Пятое управление – оперативная разведка;
Шестое управление – радиотехническая и космическая разведка. В его подчинении находиться Центр космической разведки («объект К-500») и подразделения особого назначения ОСНАЗ;
Седьмое управление – НАТО;
Восьмое управление – отдельные страны;
Девятое управление – военные технологии;
Десятое управление – военная экономика;
Одиннадцатое управление – военные доктрины и вооружения;
Двенадцатое управление;
Управление космической разведки;
Управление кадров;
Оперативно-техническое управление;
Административно-техническое управление;
Управление