Военно-медицинское управление (ВМУ) ФСБ РФ;
Военно-строительное управление ФСБ РФ;
Комендантская служба ФСБ РФ;
Дежурная служба ФСБ РФ;
Служба международных связей ФСБ РФ;
Десятый отдел (военно-мобилизационный) ФСБ РФ;
Академия ФСБ РФ[20].
* Для справки: направление – до 7 сотрудников, отдел – от 8, управление – от 55 человек
По указу Президента РФ Бориса Ельцина «Об утверждении Положения о Федеральной службе безопасности Российской Федерации и ее структуры» штатная численность военнослужащих центрального аппарата ФСБ с 1 января 1999 года утверждается в количестве 4000 человек (ранее 6000 сотрудников).
Очередная реформа ФСБ произошла летом 2004 года. Президент РФ Владимир Путин подписал Указ о начале реорганизации ФСБ 11 июля 2004 года. Согласно этому документу директору ФСБ было разрешено иметь одного первого заместителя, начальника Погранслужбы в ранге первого зама и двух заместителей. Кроме того, в ФСБ были упразднены департаменты, а вместо них образованы службы[21].
Структура центрального аппарата ФСБ РФ в 2005 году включала в себя службы и подразделения центрального подчинения.
Директор Службы и семь его заместителей.
Служба контрразведки (СКР) ФСБ РФ:
Управление координации и анализа контрразведывательной деятельности;
Управление контрразведки на объектах;
Управление информационного обеспечения оперативно-розыскной деятельности;
Департамент военной контрразведки.
В настоящее время, помимо борьбы со шпионажем, деятельность Службы контрразведки (СКР) осуществляется в сфере обеспечения безопасности российских учреждений и граждан за рубежом, режима въезда-выезда и пребывания иностранных граждан в Российской Федерации, борьбы с незаконной миграцией, оперативного прикрытия госграницы, оперативного розыска. Кроме того, СКР совместно с заинтересованными подразделениями ФСБ осуществляет меры, направленные на обеспечение безопасности представительств иностранных государств на территории РФ.
Служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом (СЗКСиБТ) ФСБ РФ:
Управление по борьбе с терроризмом и политическим экстремизмом (УБТПЭ);
Антитеррористический центр / Центр специального назначения;
Управление по борьбе с международным терроризмом (УБМТ);
Организационно-оперативное управление;
Оперативно-розыскное управление (ОРУ).
Пограничная служба ФСБ РФ.
Служба экономической безопасности (СЭБ) ФСБ РФ:
Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности (Управление «П»);
Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта (Управление «Т»);
Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы (Управление «К»);
Управление по контрразведывательному обеспечению МВД, МЧС, Минюста (Управление «М»);
Организационно-аналитическое управление;
Управление