В мае 1940 года НИИ ВВС предпринял попытку улучшить тепловой режим работы моторов. Однако вместо увеличения скорости произошло обратное – максимальное значение этого параметра снизилось в среднем на 15 км/ч. Самолет явно преследовали неудачи.
И все же на основании проведенных войсковых испытаний технический совет НИИ ВВС вынужден был констатировать, что летные характеристики серийной машины резко ухудшились. Максимальная скорость снизилась с 567 км/ч у опытной машины до 515 км/ч. Время набора высоты 5000 метров возросло с 5,75 до 7,7 минуты, а дальность полета звеном составила всего лишь 630 км. Кроме этого, выявили 183 дефекта. В результате комиссия постановила, что в таком виде ББ-22 к эксплуатации в частях ВВС не могут быть допущены. Тут уже и ГУАС зашевелилось, резко изменив свое мнение, и ходатайствовало перед наркомом обороны Тимошенко и Комитетом Обороны о прекращении производства ББ-22.
На одном из совещаний у Сталина, рассказывал летчик-испытатель НИИ ВВС Николай Алексеевич Степанов, против самолета Яковлева резко выступил летчик-испытатель И. П. Пискунов, и это, похоже, было последней каплей терпения. Самого конструктора на совещании не было, тем не менее Сталин приказал разобраться и прекратить выпуск негодных самолетов.
Но время было упущено, и всю вину А. С. Яковлев возложил на завод № 1. В результате производство самолетов на заводе № 1 прекратили, передав весь задел на завод № 81. На этом предприятии постановлением правительства от 2 октября 1940 года Яковлеву предписывалось «по окончании госиспытаний двухмоторного истребителя конструкции т. Яковлева А. С. освободить завод от производства <…> ББ-22 и перейти на производство двухмоторного истребителя <…> т. Яковлева А. С.».
Согласно постановлению правительства от 5 ноября 1940 года в ВВС к концу 1941 года должно было иметься 102 ближнебомбардировочных полка (6222 самолета). Безусловно, «львиную долю» составляли самолеты СБ, а оставшиеся поделили между собой Як-4 и Су-2.
Но до истребителя дело не дошло, и завод начал изготавливать ББ-22бис, который, несмотря на негативное отношение к нему военных, в декабре того же года был переименован в Як-4. В 1940-м изготовили 57 машин, а в 1941 году, до эвакуации, еще 63 бомбардировщика, которые директор завода Климовицкий всеми правдами и неправдами пытался сдать заказчику.
К середине лета 1940 года на аэродроме Лебедено (Харьковский военный округ) базировались 25 ББ-22 с таким количеством дефектов, что они не были пригодны к эксплуатации и длительное время доводились заводской бригадой.
Постановлением