Университетскому суду приходилось разбирать самые разные дела – от кражи книг в библиотеке до травли в студенческом общежитии. Значительную долю дел составляли так называемые политические дела. А. Е. Фаворский, который сам в свое время проходил подобный процесс в качестве обвиняемого, всячески способствовал оправданию революционно настроенных студентов. Об отношении А. Е. Фаворского к политическим практикам в стенах университета ярко свидетельствует дело студента А. Нестерова (члена академической корпорации)[46].
В числе других политически активных профессоров А. Е. Фаворский принимает участие в обсуждении вопросов, касавшихся нового университетского устава, разрабатываемого министерством П. М. фон Кауфмана[47]. Важнейшим общественным свершением А. Е. Фаворского и В. Е. Тищенко стала организация музея Д. И. Менделеева, настоящий культ которого стал формироваться еще при жизни великого ученого. После его кончины по инициативе участников РФХО, учеников и бывших коллег был поднят вопрос об открытии Менделеевского музея. Представление бывших коллег ученого о выделении средств на организацию музея было составлено прочувствованно и патетически: «Для оценки личности и деятельности великих умов, сошедших в могилу, становятся важны не только их печатные труды, неизданные рукописи, письма, заметки, но даже мелкие подробности личной жизни и домашней обстановки»[48]. В отличие от большинства деятелей эпохи, образ Д. И. Менделеева, сформированный в массовом сознании, уже в начале посмертной судьбы ученого носил консенсусный характер – в качестве положительного персонажа и великого ученого он был органично вписан в различные версии российской истории (впоследствии эта тенденция только укрепилась). В этом смысле интересы власти, либеральной общественности и университета редким образом совпали. С высочайшего одобрения с подачи премьера П. А. Столыпина на организацию музея и покупку библиотеки у наследников ученого в обход обычного порядка выделения государственных кредитов в кратчайшие сроки было найдено финансирование[49]. Первыми посетителями музея в декабре 1911 года стали участники II Менделеевского съезда (А. Е. Фаворский был его вице-председателем). Менделеевскому