14 сентября из Дарданелл к берегам Египта ушел отряд капитана 2-го ранга Сорокина в составе двух русских («Казанская Богородица» и «Св. Михаил») и двух турецких фрегатов, а также десяти русских канонерских лодок, выделенных для совместных действий с английской эскадрой адмирала Нельсона.
20 сентября объединенный русско-турецкий флот вышел из Дарданелл и направился к берегам Мореи. Ушаков решил для начала захватить острова с небольшими французскими гарнизонами и лишь потом заняться сильно укрепленной крепостью Корфу.
28 сентября к острову Цериго подошел отряд в составе русских фрегатов «Григорий Великия Армении» и «Счастливый», авизо «Панагия Апотуменгана», а также нескольких турецких судов. Русские фрегаты вошли в залив Св. Николая и несколькими выстрелами заставили гарнизон маленького французского порта бежать в более мощную крепость Капсали.
30 сентября соединенная русско-турецкая эскадра под командой вице-адмирала Ушакова, подойдя к острову Цериго, бомбардировала крепость Капсала.
1 октября отряд капитан-лейтенанта Шостака в составе двух фрегатов и одного авизо, подойдя к крепости Капсала, высадил десант из 300 русских и 250 турок при нескольких полевых орудиях. Получив отказ на требование о сдаче крепости, Шостак приказал открыть огонь из полевых орудий и пушек судов. После нескольких часов обстрела крепость сдалась. Трофеями союзников стали 20 пушек. Гарнизоны обеих крепостей насчитывали 111 человек, из которых 9 были убиты, а остальные капитулировали при условии, что их доставят во Францию, и в дальнейшем они не будут участвовать в этой войне.
3 октября 1798 г. адмирал Ушаков и Кадыр-Бей выдали жителям Цериго грамоту, предоставляющую самоуправление до тех пор, «пока и прочие острова не освободятся от французов, и какое решение воспоследует от держав наших». В крепости Капсала был оставлен русско-турецкий гарнизон – по 12 человек с каждой стороны.
13 октября к острову Занте (Закинос) подошел отряд капитан-лейтенанта Шостака в составе фрегатов «Григорий Великия Армении», «Счастливый» и авизо «Красноселье». Как и у Цериго, после небольшой перестрелки французский гарнизон сдался. Союзники пленили 441 человека. Из них 17 отпустили в Анкону, а остальных отправили в Морею к туркам. В крепости было захвачено 47 чугунных пушек, 7 медных полевых пушек, 2 медные гаубицы и 6 мортир малого калибра. Медные орудия русские и турки поделили между собой и взяли на суда, а чугунные оставили в крепости. На Занте был оставлен гарнизон из 15 русских и 15 турок.
14 октября корабль «Св. Троица», фрегаты «Сошествие Св. Духа» и «Счастливый» под командованием капитана 2-го ранга И.С. Поскочина, а также турецкий фрегат, подошли к острову Кефалония. Завидев корабли, французский гарнизон капитулировал без сопротивления. На остров был высажен десант в 180 человек, взявший в плен 197 офицеров и солдат. Трофеями русских стали 40 чугунных пушек, четыре 3-фунтовых полевые