В 1999 году подполковник Литвиненко уволился из ФСБ и устроился руководителем службы безопасности Березовского, являвшегося в тот момент исполнительным секретарем СНГ. В марте 1999 года он был арестован по обвинению в превышении полномочий и помещён в следственный изолятор ФСБ «Лефортово». В ноябре 1999 года его оправдали, но прямо в зале суда, после зачитанного ему оправдательного приговора, Литвиненко арестовали сотрудники ФСБ и поместили в СИЗО Бутырской тюрьмы по новому уголовному делу аналогичного содержания. В 2000 году оно тоже было прекращено прокуратурой за отсутствием состава преступления, но в тот же день против Литвиненко было начато третье уголовное дело, а он сам освобождён под подписку о невыезде. Близкий друг Литвиненко и Березовского Александр Гольдфарб так описал роль Владимира Путина в деле Литвиненко: «На следующий день (22 апреля 1999 года. – Б.С.) Борис (Березовский. – Б.С.) отправился на встречу с Путиным в его новый кабинет в здании ФСБ. Бориса встретил ничем не примечательный человек – копия Путина, который проводил его в новенький директорский кабинет на четвертом этаже. В кабинете сделали ремонт, чтобы он соответствовал аскетическим вкусам Директора: светлая деревянная мебель, весьма функциональная – вероятно, влияние лет, проведенных Путиным в Восточной Германии. Прежний кабинет руководителя ФСБ, в котором его бывшие хозяева, такие как Берия и Андропов, занимались планированием холодной войны, был превращен по приказу нового директора в комнату-музей.
Небольшая фигура Путина казалась еще меньше за огромным столом, на котором Борис заметил бронзовый бюст Феликса Дзержинского, создателя советской тайной полиции.
Путин приложил палец к губам, призывая к молчанию, и жестом пригласил Бориса следовать за ним в заднюю дверь. Они прошли через личную столовую и вышли в маленький коридорчик.
Борис оглянулся. Они находились в маленькой комнатке без окон напротив двери лифта. Очевидно, это был задний выход из кабинета к личному директорскому лифту.
– Это самое безопасное место для разговора, – сказал Путин.
Борис собирался говорить с ним о двух вещах: Примакове и Литвиненко…
До выборов 2000 года оставалось восемь месяцев. Очевидно было, что Примус (Евгений Примаков, в 1998–1999 годах – глава правительства России. – Б.С.), семидесятилетний реликт советской эпохи, за которым стояла клика коммунистов, бывших аппаратчиков и ветеранов разведки, был вовсе не тем, в ком нуждалась страна в преддверии XXI века… У “преемника” должно было быть одно обязательное качество: