Только после того как в 1879 г. мадам Блаватская и её последователи отправились в Индию, теософия приобрела более систематическую форму. В новой штаб-квартире Теософского общества в Мадрасе она написала «Тайную доктрину» (1888). Эта работа подтвердила её склонность к компиляциям, но на этот раз в качестве источников ею были использованы современные труды по индуизму и последние достижения науки. Её новая книга выглядела как комментарий к сакральному тексту под названием «Строфы Дзиан», который автор имела случай видеть в подземном гималайском монастыре. Этот новый интерес к Индии свидетельствует о её высокой восприимчивости к переменам в научном мире: только что Франц Бопп и Макс Мюллер подчеркнули огромное значение санскрита в качестве основы для сравнительного изучения так называемых арийских языков. Источник мудрости сместился от Египта на Восток. Позднее концепция теософии обнаружит ещё большее сходство с принципами индуизма.
В «Тайной доктрине» содержалось описание Божественной деятельности от начала периода сотворения мира до его конца, процесс этот был признан циклическим, повторяющимся через неопределённые промежутки времени снова и снова. Это история о том, как возник настоящий мир, откуда, какие силы образовали его и придали форму, куда он идёт и что всё это значит. Первый том («Космогенез») охватывал собой общий план, в соответствии с которым первоначальное единство неявленного божества дифференцирует себя в многообразие сознательно развивающихся существ, которые постепенно наполняют мир. Божество обнаруживает себя впервые через эманацию и три следующих друг за другом формы Разума: три космические фазы создают время, пространство и материю, и они символизируются в серии священных знаков индуизма.
Все последующие творения происходят в строгом подчинении божественному плану, проходя через семь кругов или эволюционных циклов. В первом круге мир определяется властью огня, во втором – воздуха, в третьем – воды, в четвёртом – земли, и в прочих – эфиром. Этот порядок отражает постепенное отпадение мира от божественной милости в первых четырёх кругах и его искупление в следующих трёх; это должно произойти прежде, чем всё вернётся к точке первоначального единства, для того чтобы начать новый большой круг. Мадам Блаватская иллюстрирует стадии космического цикла разнообразными эзотерическими символами, включая треугольники, трискелионы и