1890 р. став одним із засновників та першим головою (до 1898 р.) Русько-української радикальної партії (РУРП) – першої української політичної партії, редактором її друкованих органів – газет «Народ» (1890—1895), «Хлібороб» (1891—1895), «Громадський голос» (з 1895 р.). Тричі балотувався від цієї партії на виборах до галицького сейму та австрійського парламенту (1895, 1897, 1898), щоразу безуспішно (через виборчі махінації влади).
1893 р. у Віденському університеті під керівництвом відомого славіста В. Яґича захистив дисертацію «Варлаам і Йоасаф, старохристиянський духовний роман і його літературна історія» і здобув учений ступінь доктора філософії, однак до викладання на катедрі української словесности Львівського університету, що звільнилася по смерті О. Огоновського, допущений не був (хоча габілітація успішно відбулася 1895 р.).
Разом із дружиною, О. Франко, видавав літературно-науковий журнал європейського зразка «Житє і слово» (1894—1897). Упродовж 1887—1897 рр. працював у редакції польської газети «Kurjer Lwowski» (десятиріччя «в наймах у сусідів»). За публікацію у віденській газеті «Die Zeit» полемічної статті «Поет зради» (1897), що містила гострі оцінки творчости А. Міцкевича, Франка під тиском обурених польських шовіністів було звільнено з роботи в редакції «Kurjera». Того ж року через контроверсійну статтю «Дещо про себе самого» (передмову до польськомовної збірки малої прози «Obrazki galicyjskie») письменник зазнав гострої й несправедливої критики з боку галицьких народовців, найперше Ю. Романчука.
1899 р. Франко вийшов зі складу РУРП і приєднався до Української національно-демократичної партії. Тоді-таки завдяки підтримці М. Грушевського став дійсним (1899; 1904 – почесним) членом Наукового товариства ім. Шевченка (НТШ), відтак відійшов од активної політичної діяльности і присвятив себе літературній і науковій праці. Очолював філологічну секцію (1898—1901; 1903—1912) та етнографічну комісію (1898—1900; 1908—1913) НТШ; був співредактором журналу «Літературно-науковий вістник» (1898—1907; спільно з М. Грушевським та В. Гнатюком). 1906 р. отримав звання почесного доктора Харківського університету. Знаком визнання визначної ролі Франка в національно-культурному відродженні стало урочисте відзначення 25-літнього (1898) та 40-літнього (1913) ювілеїв його творчої діяльности.
За власним зізнанням Франка, значний вплив на його життя і творчість мали взаємини з жінками. Він пережив принаймні три глибокі кохання: до Ольги Рошкевич (в заміжжі Озаркевич), Юзефи Дзвонковської та Целіни Журовської (в заміжжі Зиґмунтовської), кожне з яких знайшло вияв у художній творчості. Одначе дружиною письменника стала киянка Ольга Хоружинська,