В зависимости от того, какой сигнал регистрируется, различают несколько режимов работы сканирующего электронного микроскопа: режим вторичных электронов, режим отражённых электронов, режим регистрации поглощённых электронов, прошедших электронов и др. Следует заметить, что использование информации сразу с нескольких различных детекторов позволяет получить разнообразную, взаимодополняющую информацию об образце и расширяет возможности электронного микроскопа при решении исследовательских задач.
При работе сканирующего электронного микроскопа в режиме регистрации вторичных электронов можно получить изображения с максимальным, в сравнении с другими сигналами, разрешением, что служит причиной того, что именно этот режим используется при изучении морфологии поверхности. Типовой детектор, регистрирующий вторичные электроны, позволяет получать изображения с топографическим контрастом. Такой детектор является составной частью практически любого электронного микроскопа. Другой вид детектора вторичных электронов – детектор, встроенный в объективную линзу. Он позволяет получать изображения высокого качества как при низких ускоряющих напряжениях, так и при коротких фокусных расстояниях. При формировании изображения в режиме детектирования вторичных электронов возможен вклад композиционного контраста, но он относительно невелик.
Основной вклад в контраст изображения образца, полученного в режиме детектирования отраженных электронов, дает его композиционный состав, таким образом данный режим позволяет получить информацию о вариациях состава на основе контраста по среднему атомному номеру, атомы с большим порядковым номером отражают большее количество электронов и на изображении участок образца с такими атомами получается более светлым. Съемки в этом режиме позволяют изучить микро- и нанонеоднородности в нанокомпозитных материалах по составу. Детекторы отраженных электронов