В старые времена ряды якудза пополняли ронины и вассалы дома Токугава, которых сёгун лишил земель и имущества, а впоследствии к ним начали примыкать бродяги и люмпены. Постепенно, десятилетие за десятилетием группировки росли, превращаясь в кланы. Устраивали войны, делили сферы влияния. А во время экономического кризиса тридцатых годов прошлого века, чтобы не дразнить и так обозленный народ, официальные власти закрывали глаза на распространение якудза нелегальных развлечений, включающих в себя первое время и американский джаз.
И если в пятидесятых годах прошлого века основной деятельностью якудза была организация «досуга», то в семидесятых годах группировки начали внедряться в среду сокайя, профессиональных рэкетиров, «крышующих» корпорации, шантажирующих бизнесменов и оказывающих давление на несговорчивых клиентов, конкурентов или акционеров. Зачастую они собирают компроматы на директоров и топ-менеджеров компаний, помогают отмывать деньги. Поговаривают, что клиентами якудза являлись крупные автомобильные концерны и металлургические заводы.
На сегодняшний день традиционными сферами интересов кланов по-прежнему остаются проституция, секс-туризм, подпольный игорный бизнес, продажа наркотиков и оружия, рэкет и ростовщичество, контрафактная продукция, сфера недвижимости и строительства.
Помимо прочего субкультура якудза является одной из немногих, в которой присущи «чистые» традиционные ценности, свойственные понятию «японская семья». Главой группировки выступает «Оябун», шеф, или «Кумитё», старший начальник. Следом за ним идут администраторы или старшие советники «сайко-комон» или «камбу-ацукай», затем «санро-кай», группа старших советников, «сохомбутё», руководитель штаба, а потом «вакагасира», главы основных низовых подразделений. Дальше идут «кайкэй», бухгалтеры, и юридические консультанты «сингиин», в конце иерархической лестницы находятся «дэката» и «кобун», рядовые якудза, «куми-ин», новички, и стажеры «сансита». В основном новички якудза состоят из бывших проблемных подростков и преступников, средний возраст для куми-ин составляет примерно двадцать лет. Территорию группировки обычно называют «якудза-сима», остров якудза, за ее пределы гангстеры предпочитают выходить в случае войны или появления особо выгодного заказа.
Кланы якудза имеют репутацию «меньшего из зол», поэтому согласно кодексу, если гангстер причинил вред простому населению,