Слухи же о возможной отставке только что избранного председателя взялся развеять А.И. Гучков. «Ну разумеется, – сказал он в интервью «Голосу Москвы», – все эти слухи лишены всякого основания. Николай Алексеевич Хомяков слишком желанный человек для всей Думы, чтобы он мог отказаться от почетного председательского кресла… Избрание Хомякова для России очень важно. При условии долговечности Третьей Думы – а это можно считать вполне обеспеченным – председателю придется очень часто ездить во дворец, – очень важно поэтому, чтобы председателем был человек, угодный при дворе и независимый, с определенной физиономией и прекрасным прошлым, а Николай Алексеевич именно такой человек; с ним в придворных кругах считаются, и очень серьезно». Похоже, не протолкни Гучков в председатели Хомякова, фракция октябристов развалилась бы с самого начала. В ней вполне реально существовало левое крыло, выступавшее против любых блоков с правыми. Фигура председателя консолидировала не только Думу, но и октябристскую фракцию.
В III Думе Хомяков с речами практически не выступал, исполняя исключительно председательские функции. На этом поприще он стал одним из главных действующих лиц большого конфуза, случившегося весной 1908 года. 24 апреля в Думе, в присутствии министра финансов В.Н. Коковцова, обсуждался вопрос о причинах убыточности отечественных железных дорог. Возникла идея, сформулированная П.Н. Милюковым так: «Мы считаем необходимым образовать парламентскую комиссию по расследованию причин убыточности нашего казенного железнодорожного хозяйства». Коковцов отреагировал: «У нас, слава Богу, нет еще парламента». Реплика не вызвала сверхбурной реакции, но на следующий день депутаты пожелали ее обсудить. Хомяков воспротивился: «Мы не можем ставить как отдельный вопрос обсуждение неудачно сказанных кем бы то ни было слов. Как председатель я не имел никакой возможности остановить министра финансов, когда он сказал свое неудачное выражение; я не имел возможности и не имел даже права, но я считаю, что я имею возможность, имею и обязанность не допускать обсуждения этих слов в дальнейшем».
Это высказывание тоже никого особенно не затронуло – никого, кроме председателя Совета министров П.А. Столыпина. Как вспоминал В.Н. Коковцов, тот встретился с Хомяковым и заявил ему, что это выступление его, Столыпина, «крайне удивило и ставит перед ним даже вопрос о том, как быть министрам, если председатели Думы начнут награждать министров различными эпитетами за произносимые ими речи вместо того, чтобы предоставить Думе в лице ее членов возражать им по существу, и будут делать это еще в присутствии министров; что перед ним стоит даже вопрос о том, согласится ли министр