Происхождение государства, по мнению Десницкого, связано с природой человека. В труде «Рассуждение о происхождении власти и старшинства в народах, от которого происходит правление» он выделяет три причины возникновения власти отдельных людей над остальными членами общества. Это «превосходство в физической силе, превосходство духа и превосходство в богатстве». Первое преобладало на заре человечества «в непосвященном веке», но встречается и сейчас, например в школьных компаниях. Власть физически более сильного основывается не только на страхе, считал ученый, но и на желании слабых найти выгоду и покровительство. По той же причине с древних времен имеют власть люди «превосходных душевных дарований». Однако ни того, ни другого не достаточно для постоянного властвования: «Единственно також посредством превосходного богатства и в нынешних народных правлениях правительствующие удерживают свое достоинство, величество и власть».
Одновременно с властью возникают правовые нормы. На первых порах законы были «простые и немногие». Так продолжалось до тех пор, пока отдельные члены общества не сосредоточили в своих руках значительные богатства. За этим последовало появление законов, охраняющих собственность: «Как скоро польза и надобность вещей движимых и недвижимых стала народом столь чувствительна, что многие через потеряние оных в разорение приходить стали; то отсюда начали в обществе происходить тяжбы, ссоры и смертоубийства, для отвращения которых законы сысканы, показующие, в чем святость прав и в чем принадлежащая всякому собственность и наследие состоит». Появление законов позволило закрепить власть одних членов общества над другими, что и привело к образованию государств. Таким образом, делает вывод Десницкий, происхождение собственности «соединено с непосредственным происхождением и самих правлений государственных».
С.Е. Десницкий был сторонником «законной монархии». В отличие от многих других просветителей, он не высказывал напрямую критических замечаний в адрес Екатерины II, а предлагал реформировать систему государственного управления на основе разработанной им теории. В основу классификации государственных учреждений Десницкий положил «природные права человека»: право на жизнь, здоровье, честь и собственность, – а также «приобретенные», связанные с особенностью государственного строя в конкретный исторический период. Десницкий одним из первых заговорил о необходимости признания и охраны данных «природных» прав человека, реализация которых не должна зависеть от воли монарха. На основании этого он как юрист считал необходимым пересмотреть действующую классификацию преступлений по степени их тяжести, поставив на первое место преступления против личности и собственности, а не против религии и государства, как это было принято.
«Природные права человека» Десницкий положил в основу классификации