Diese Verfolgungen verhinderten aber nicht, daß im Allgemeinen Deutschen Arbeiterverein Schweitzer mit einer starken Opposition zu kämpfen hatte, wobei die Gräfin Hatzfeldt tapfer schürte, weil er dieser nicht den verlangten Einfluß auf den Verein und seine Politik einräumte. Es begann ein wahres Tohuwabohu im Verein, es war der Kampf um die Macht. Lassalle hatte kurz vor seinem Tode Schweitzer zum Vorstandsmitglied des Allgemeinen Deutschen Arbeitervereins ernannt. Die Generalversammlung in Düsseldorf ließ ihn aber für diesen Posten durchfallen. Bernhard Becker war ebenfalls mit Schweitzer zerfallen und versuchte einen Haupttrumpf gegen ihn auszuspielen, indem er die Generalversammlung des Vereins nach Frankfurt a.M. einberief, den Ort, der Schweitzer nach seiner Vergangenheit der allerunangenehmste sein mußte. Indes war die Opposition auch gegen den unfähigen Becker so stark, daß dieser kurz vor der Frankfurter Generalversammlung sein Amt niederlegte, worauf Tölcke als sein Nachfolger gewählt wurde. Bis aber dessen Wahl durch die Urabstimmung in den Mitgliedschaften bestätigt war, sollte Hillmann-Elberfeld, der wieder Fritzsche als Vizepräsident ersetzt hatte, die Leitung des Vereins übernehmen. Hillmann, der zu den entschiedensten Gegnern Schweitzers gehörte, benutzte jetzt seine Stellung, um den zwischen Becker und Schweitzer abgeschlossenen Vertrag, wonach der „Sozialdemokrat“ offizielles Vereinsorgan war, für null und nichtig zu erklären und ihm das Recht, sich Vereinsorgan zu nennen, zu entziehen. Schweitzer und Hofstetten bezeichneten von da ab das Blatt als „Organ der sozialdemokratischen Partei“.
Mittlerweile war Schweitzer ins Gefängnis gewandert. Er war am 24. November wegen verschiedener Preßvergehen, darunter Majestätsbeleidigung und Schmähung obrigkeitlicher Anordnungen, zu einem Jahre Gefängnis verurteilt worden. Später bekam er noch vier Monate dazu, auch wurden ihm jetzt die Ehrenrechte aberkannt. Seine Verhaftung erfolgte kurz nach seiner ersten Verurteilung. Schweitzers journalistische Tätigkeit wurde aber durch die Haft in keiner Weise unterbrochen, wie er denn im Gefängnis ein Maß von Freiheiten genoß, das weder bis dahin noch später einem in Berlin zu Gefängnis verurteilten politischen Gefangenen zuteil wurde. Er traf alle Anordnungen sowohl als Redakteur wie später als Präsident des Vereins aus dem Gefängnis. Seine Korrespondenz war unbeschränkt, Besuche empfing er häufig. Als er 1869 eine mehrmonatige Gefängnisstrafe in Rummelsburg verbüßte, konnte er sich sogar dem Vergnügen des Kahnfahrens auf dem Rummelsburger See widmen. Selbstbeköstigung war ihm ebenfalls gestattet, die in den Berliner Gefängnissen für politische Gefangene erst in sehr viel späterer Zeit, zu Ende des vorigen Jahrhunderts, erlangt wurde.
Man hat geltend gemacht, daß die verschiedenen Gefängnisstrafen ein Beweis gegen die Anklage seien, Schweitzer wäre Bismarckscher Agent gewesen. Diese Auffassung ist durchaus falsch. Die Beziehungen, die eine Regierung zu ihren politischen Agenten zu haben pflegt, bindet sie nicht den Staatsanwälten und Richtern auf die Nase. Eine zeitweilige Verurteilung eines politischen Agenten wegen oppositioneller Handlungen ist auch sehr geeignet, Mißtrauen gegen den Betreffenden zu beseitigen und das Vertrauen in ihn zu stärken. Bekanntlich haben auch die Berliner Gerichte zu derselben Zeit, in der Lassalle mit Bismarck seine stundenlangen politischen Unterhaltungen als „angenehmer Gutsnachbar“ hatte, sich nicht gescheut, ihn zu einer Reihe harter Gefängnisstrafen zu verurteilen, obgleich man damals in weiten Kreisen wußte, wie Bismarck und Lassalle zueinander standen. Lastete doch der Gedanke schwer auf Lassalle, wie er bei seinem Gesundheitszustand die langen Haftstrafen überstehen werde.
In den Monaten, welche der Kriegsentscheidung im Juni 1866 vorausgingen, arbeitete der „Sozialdemokrat“ weiter zugunsten der Bismarckschen Politik, und zwar wie auch früher mit raffiniertem Geschick. Es mußten schon geübte Augen und ein scharfer Verstand sein, um aus all den Verklausulierungen und Widersprüchen herauszuschälen, daß er eine unehrliche Politik betrieb.
Gegen Ende März 1866, also während er im Gefängnis sitzt, wird er im „Sozialdemokrat“ deutlicher: „Die Zerstörung der Bundesleiche zu Frankfurt sollte die Auflösung der Nation bedeuten. Die Geburt der Nation würde von diesem Tage an datieren.“ Einer seiner Hamburger Anhänger, Schallmeier, erklärte im „Sozialdemokrat“, die Arbeiter würden für den Krieg sein, gebe man denselben das allgemeine Wahlrecht.
Gleichzeitig erhebt der „Sozialdemokrat“ unausgesetzt heftige Angriffe gegen die Fortschrittspartei, den Nationalverein, den Sechsunddreißiger-Ausschuß. Daneben erschienen wieder einige Artikel, worin ein Buch Rüstows über das Milizsystem günstig besprochen und das Milizheer als eine Einrichtung gepriesen wird, die am billigten die meisten Streiter liefere.
Im März noch hatte der „Sozialdemokrat“ den preußischen Bundesreformentwurf mit Geringschätzung behandelt, er werde „schätzbares Material“ bleiben. In der zweiten Hälfte April tritt er entschieden für die preußische Bundesreform ein. Jetzt war keine Rede mehr von den früheren Versicherungen, dem neuen Deutschen Reiche dürfe kein Dorf, nicht der letzte Weiler fehlen. Er hatte auch vergessen, daß er noch in der zweiten Hälfte September 1865 geschrieben: Unser köstliches Kleinod ist, daß wir kein Oesterreich und kein Preußen, kein Bayern und kein Hessen-Homburg, daß wir nur ein Deutschland kennen, ein deutsches Volk und eine deutsche Sprache.
In einer Artikelserie: Habsburg, Hohenzollern und die deutsche Demokratie, die Ende April erschien, spricht er sich schließlich für die Vernichtung Oesterreichs aus; es müsse reduziert werden auf die 12900000 Einwohner, die zum Bunde gehörten. Dann sei Deutschland konstituiert, das heißt dann hat Preußen das Feld.
Auf ein wiederholtes Gesuch wurde Schweitzer am 9. Mai 1866 angeblich wegen gefährdeter Gesundheit aus dem Gefängnis beurlaubt. Dagegen wäre nichts einzuwenden gewesen, entsprach der Grund des Urlaubs der Wahrheit. Dieser Grund erwies sich aber als eine Lüge. Kaum aus dem Gefängnis beurlaubt, entwickelte Schweitzer eine umfassende politische Tätigkeit, die nicht nur bewies, daß die Ruhe des Gefängnisses ihm wieder eine gute Gesundheit verschafft hatte, sondern daß auch die maßgebenden Behörden gegen seine politische Tätigkeit nichts einzuwenden hatten, obgleich sonst die Behörden bei Beurlaubungen politischer Gefangener die selbstverständliche Forderung stellen, daß der Beurlaubte nicht eine Tätigkeit betreibe, wegen der er in Strafe genommen worden ist.
Am 21. Mai erscheint Schweitzer in Hamburg, um dort „Ordnung zu schaffen“, am 11. Juni in Erfurt und am 18. Juni in Leipzig, woselbst er in einer Rede für die Bismarcksche Bundesreform eintritt. Dieses Eintreten hatte aber nicht verhindert, daß am 18. Mai der „Sozialdemokrat“ in einem Leitartikel sagte: Von einem liberalen Preußen sprechen die Gothaer, das an die Spitze Deutschlands zu treten habe, aber das hieße in Wahrheit sprechen: von einem Preußen, das nicht existiert und nicht existieren kann.
Und dieser positiven durchaus richtigen Auffassung über das Wesen Preußens gegenüber sagt Schweitzer am 16. Juni in Leipzig in einem Vortrag „Ueber die gegenwärtigen Aufgaben der sozialdemokratischen Partei Deutschlands“ am Schlusse:
„Wenn es aber gelingt, die preußische Regierung weiterzutreiben auf dem Wege