Как и предусматривала разработанная и предложенная Россией программа конференции, вопросы, подлежавшие обсуждению, были сформированы в четыре тематические группы и рассматривались соответственно в четырех комиссиях. Доклады комиссий и подготовленные в них проекты решений выносились на пленарные заседания конференции, которые проходили в историческом Рыцарском зале, в котором обычно торжественно открывались сессии голландского парламента. Четвертую, «морскую», комиссию возглавлял Ф.Ф. Мартенс, имевший опыт организации и проведения первой Гаагской конференции, на которой он разрабатывал принципы мирного разрешения международных споров.
Во многом на основе, наработанной на первой конференции, была сформирована и принята основополагающая Конвенция о мирном разрешении международных столкновений. Она открыла исключительно важный процесс нормативного наполнения принципа мирного разрешения международных споров, который сегодня является одним из базовых принципов современных международных отношений и международного права. Конвенция ограничивала государства в использовании права на войну, но, оставаясь в пределах реальности, не могла полностью исключить ее из инструментария решения международных споров.
Конвенция об ограничении в применении силы при взыскании по договорным долговым обязательствам имела своей целью не допустить нападения на страны под предлогом истребования их внешней задолженности, как это произошло с Мексикой, к которой в 1861 г. страны-кредиторы применили военную силу, а Наполеон III попытался осуществить ее колониальный захват.
По инициативе и настоянию России, подвергшейся недавнему внезапному нападению Японии без предупреждения и объявления войны, была принята Конвенция о порядке открытия военных действий. Согласно этой конвенции, войны не должны были начинаться без