Четвертый этап (1998–2001) отмечен обострением отношений между объединенными силами власти и традиционного духовенства, с одной стороны, и представителями радикальных исламских группировок – с другой. В этом противостоянии лидеры традиционных исламских общин получили мощный стимул для объединения. Они стали вести с мусульманским населением края работу по борьбе с сектантской идеологией исламистов. Исламисты в свою очередь повели на Ставрополье настоящую психологическую и диверсионно-террористическую войну. Так, за четыре года было совершено более десяти террористических актов в различных городах и районах края – Пятигорске, Невинномысске, Минеральных Водах, Ессентуках, Ставрополе и других населенных пунктах. Серьезно осложнилась обстановка в регионе Кавказских Минеральных Вод, что было связано с деятельностью самопровозглашенного «имама Карачая» – М. Биджиева. Используя в качестве прикрытия должность директора открытого при мечети поселка Мирный медресе, он организовал бандформирование численностью 35–40 человек. Противопоставив себя местному традиционному духовенству, эта группа вела борьбу за «присоединение» Предгорного района и Кисловодска к так называемому «независимому Карачаю». В ответ на всплеск экстремистской активности правоохранительные органы и спецслужбы предприняли комплекс профилактических мер, включающих регулярно проводимые операции – «Граница-заслон», «Моджахед», «Вихрь-антитеррор», «Иностранец» и др. Ряд исламистов были привлечены к уголовной ответственности и осуждены за совершение тяжких и особо тяжких преступлений. Однако несовершенство законодательной базы, а также опора в основном на оперативные и силовые методы борьбы с подобного рода преступлениями не позволили исключить терроризм и экстремизм из списка актуальных для края угроз.
Пятый этап (2001–2007) был связан с планомерным и последовательным наступлением на деструктивные формы исламской религиозности. Используя широкий арсенал средств – идеологических, психологических, экономических, политических и силовых – власть продолжала наносить удары по исламизму и его носителям. Эти усилия не только привели к разгрому военной организации северокавказской салафийи, загнав ее в глубокое подполье, но и способствовали формированию ее негативного образа в широких слоях населения. Термин «ваххабизм» стал устойчиво ассоциироваться с терроризмом и религиозным фанатизмом. Тем не менее ушедший в подполье исламизм не отказался от своих целей. В новых условиях произошло обновление его программы идеологического обоснования террористической