1. Глубина противоречий, в основе которых лежит противостояние формировавшихся веками ценностей и образа жизни народов, принадлежащих к различным цивилизациям. Такие противостояния с трудом поддаются урегулированию. Так, в конфликте Армении и Азербайджана вокруг Нагорного Карабаха, а также в палестино-израильском противостоянии просматриваются не только территориальные споры, но и столкновение культурно-конфессиональных систем.
2. Поддержка сторон конфликта внешними субъектами международной политики, которые принадлежат к различным цивилизационным платформам. Так, например, в споре вокруг Фолклендских островов в 1982 г. на стороне Аргентины стоял весь латиноамериканский мир, а на стороне Великобритании – страны Запада. Масштабы цивилизационной поддержки арабского мира в Афганистане испытали на себе сначала «ограниченный контингент» Советской армии, а затем и коалиция войск НАТО. Сильную поддержку со стороны исламского мира ощущает народ Палестины в его противостоянии с Израилем.
3. Конъюнктурные изменения ориентации участников конфликтов с цивилизационной основы на факторы текущей политической ситуации в ходе развития конфликта. Так, участники сербо-мусульманско-хорватского противостояния в Югославии меняли союзников в зависимости от политической ситуации: сначала хорваты-католики выступали в союзе с мусульманами против православных сербов, потом сербы становились союзниками мусульман против хорватов. Позиция стран Запада по отношению к участникам конфликта в Югославии определялась не соображениями цивилизационной близости, а политической целесообразностью. Германия поддерживала хорватов, Великобритания и Франция (в определенный период) были на стороне сербов, а США – на стороне боснийцев-мусульман. Как видно, цивилизационный принцип участия сторон в конфликте отходит на второй план при решении текущих политических задач.
4. Трудности четкого определения агрессора и жертвы. Ярким примером являются всё те же события в Югославии, где возник конфликт между тремя цивилизациями: славянско-православной, католической и исламской, и каждая сторона видела в своих противниках агрессоров, а себя представляла жертвой. Это отражалось и на аргументации сторон, находящихся по разные стороны «баррикад», их суждениях о причинах конфликта, инициаторах и путях урегулирования, которые, как правило, оказывались диаметрально противоположными.
Вместе с тем следует отметить, что, несмотря на межцивилизационный характер большинства конфликтов, возникают они и между субъектами, принадлежащими к одной цивилизационной платформе. Примерами являются ирано-иракская война 1980– 1988 гг., а также имеющая место в настоящее время гражданская война в Сирии, в основе которых лежит соперничество шиитской и суннитской ветвей ислама.