4. Сентябрь 1999–2007 гг. Этап характеризуется началом второй чеченской кампании, разгромом боевых подразделений сепаратистов, переходом их к партизанской войне. В этот период Чечня остается эпицентром сосредоточения радикальных исламистов, хотя ее лидерами артикулируются еще вполне светские сепаратистские проекты в рамках конструирования так называемой ЧРИ (Чеченская Республика Ичкерия). В этот же период наблюдается процесс «растекания джихада» практически по всей территории Северного Кавказа. Речь идет о распространении идеологии радикального исламизма, институционализации собственных неправительственных религиозно-политических организаций и группировок, появлении и разрастании инфраструктуры «джихада» (схроны, блиндажи, бункера и т.п.), ведении специфической политической диверсионно-террористической практики, в том числе далеко за пределами Северо-Кавказского региона. Происходит трансформация структур боевиков, которая постепенно приобретает сетевой характер.
Значимым на данном этапе представляется то, что если в 90-е годы XX в. северокавказские «ваххабиты» были представлены умеренно-радикальной и ультрарадикальной составляющими, то в ходе второй чеченской кампании местная салафийя выродилась исключительно в религиозно-политический экстремизм, на базе которого развилось террористическое движение, прикрывающееся исламским вероучением. Тем не менее умеренные радикалы, хотя и в меньшем количестве, еще присутствуют на Северном Кавказе. Однако власти, не умея или не желая отличать умеренных от ультрарадикалов, осуществляют в отношении них одинаково жесткие силовые меры. Такой подход сокращает и без того узкую прослойку умеренных радикалов, постепенно переходящих на экстремистские позиции.
5. 2007 г. – настоящее время. Пришедший к власти в виртуально существующей Чеченской Республике Ичкерия новый лидер – Доку Умаров – объявил о завершении националистического плана построения ЧРИ и одновременно обнародовал новый геополитический проект – «Имарат Кавказ». Согласно ему, на Северном Кавказе на исламистских принципах функционирования создается новое государство – «Имарат Кавказ», управление которого