Вернувшись в свою Alma mater – «Эколь Нормаль», которая переживала трудные времена, Л. Пастер превратил пять маленьких комнат в павильоне во дворе «Эколь Нормаль» в лабораторию для опытов. Здесь он занимался микроскопическим исследованием воздуха. Для проведения экспериментов в 1860 г. он отправился в научное путешествие с большим количеством сосудов для определения изменения жидкости в разных климатических условиях с различным составом воздуха. Л. Пастер брал пробы в горах, на ледниках, на больших высотах. В своём сообщении Академии наук Франции о проделанной работе он писал: «Я могу, как мне кажется, утверждать, что пыль, взвешенная в воздухе, является основной причиной, первым и необходимым условием появления жизни в органических настоях… <…> Мне больше всего хотелось бы настолько продвинуть эти опыты, чтобы подготовить почву для будущих серьёзных исследований по происхождению различных заболеваний»[32].
Луи Пастер был физиком, химиком, но из его 21 работы, представленной Академии наук Франции в 1848–1861 гг., 10 были посвящены физиологии растений. Они были полны новых данных, многие из них имели огромное значение для развития науки. В 1862 г. Л. Пастер был избран членом Академии наук Франции, позже он руководил также ботанической секцией.
В связи с эпидемией в шелководческих районах Франции, относясь с большим вниманием к проблемам экономики стран, Л. Пастер возглавил руководство этими исследованиями. В 1865 г. по поручению министерства земледелия он выехал в центр эпидемии заболевания шелкопряда, в Алэ. Его интересовало происхождение болезни, способы её лечения. Он занялся микроскопическими исследованиями паразитов шелкопряда. Путём многочисленных наблюдений и экспериментов учёный пришёл к выводу, что болезнь шелковичных червей носит инфекционный характер, а её причиной являются паразиты, поэтому нужно использовать только незаражённых бабочек.
Заслугой перед Францией явилось вручение Л. Пастеру национальной премии. Академик Поль Берн в докладе, посвящённом этому событию, говорил о миллионах, которые пошли в казну Франции благодаря открытиям Луи Пастера. Для этого великого учёного было большой радостью трудиться во благо не только своего Отечества, но и содействовать прогрессу человечества.
Паралич левой стороны, случившийся с ним в 45 лет, напоминал о себе хромотой,