Тюркоязычные мусульмане Ставрополья (ногайцы, туркмены, татары, карачаевцы, балкарцы) исповедуют ханифитский мазхаб, а выходцы из Дагестана (даргинцы, аварцы и другие народы РД) и Чечни – шафиитский мазхаб. Хотя различия в отправлении культа незначительны, совместное проживание представителей этих двух мазхабов на ограниченной территории с недостаточно развитой социально-экономической инфраструктурой, какими являются Нефтекумский и Степновский районы края, создает определенные внутриконфессиональные трения. Существующие противоречия социально-экономического характера между ногайским и даргинским населением, причиной которых являются неконтролируемые процессы миграции даргинцев в районы традиционного проживания ногайцев, из сферы межнационального противостояния переходят в духовную сферу.
Аналогичная с ДУМ КЧИС ситуация складывается в Духовном управлении мусульман Республики Адыгея и Краснодарского края (ДУМ РА и КК). В своей деятельности ДУМ РА и КК, развивающее ислам в соответствии с так называемым кодексом адыгских обычаев и традиций «Адыгэ-Хабзэ», ориентировано в основном на адыгов и не учитывает интересов большинства мусульман других национальностей, проживающих в Краснодарском крае. Противоречия национально-религиозного характера присутствуют также внутри мусульманской общины Краснодарского края. Имеются разногласия на межнациональной основе между адыгами-шапсугами и представителями татар и азербайджанцев, проживающих на территории Туапсинского района Большого Сочи. Значительная часть адыгов-шапсугов негативно относится к попыткам захвата лидирующих позиций в руководстве мусульманских организаций представителями других национальностей.
В последние годы отмечается устойчивая тенденция увеличения числа ингушского населения, вовлекаемого в радикальные исламские группирования. Особенно сложная обстановка складывается в Малгобекском районе Республики Ингушетия, где происходит значительное усиление позиций радикальных исламистов за счет «тихой экспансии» чеченцев, скупающих домовладения у местных жителей. Чеченцы активно занимались на территории этого района вербовкой в НВФ ингушской молодежи, предварительно обработав их в духе радикального ислама и негативного отношения к России. Всего в Ингушетии, по некоторым оценкам, только в 2002 г. дополнительно осело около 10 тыс. лиц чеченской национальности, прибывших из Чеченской Республики. В свое время бывший президент Республики