Противоречия между российскими мусульманами, носящие зачастую конфликтогенный характер, разворачиваются в четырех плоскостях:
1) нет единства и координации между мусульманами собственно России и Северного Кавказа;
2) сохраняются разногласия между различными исламскими этническими группами;
3) не преодолен раскол внутри исламского духовенства;
4) существует противостояние между мусульманскими организациями и некоторыми их лидерами. Кроме того, следует учитывать также наличие конфликта поколений.
Попытки проповедников «чистоты» ислама насадить среди местного населения иные идеологические формы ислама, сложившиеся в других культурно-исторических условиях, вызывают зачастую отторжение у российских мусульман. Широкий резонанс получил кровопролитный конфликт в Дербенте между приверженцами различных ветвей ислама в 2004–2005 гг. В некоторых районах Дагестана – Буйнакском, Кизилюртовском, Хасавюртовском, Дербентском, Карабудахкентском, Казбековском, Гунибском, Цумандинском, а также в самой Махачкале – противоречия между мусульманами стали постоянными.
Как отмечает грузинский исследователь К. Дзебисашвили, активность исламистов особенно возросла в Дагестане после первой чеченской войны. Возрастанию популярности некоторых исламских центров, основанных ваххабитами Багауддином Мухаммадом и Мухаммад-шафи Джангишиевым, способствовало то, что они противопоставляли свои «джамааты», живущие по законам шариата, коррумпированному и разлагающемуся обществу. Умело проведенная идеологическая работа также способствовала привлечению новых «истинно верующих». Ваххабиты категорически не согласны с тем, как их называют. Они считают себя более истинными мусульманами («аль-муваххидун» – объединившиеся), чем остальные дагестанцы-тарикатисты, и в общем-то являются таковыми. Их точку зрения разделял и известный во всем Дагестане алим из селения Кудали Ахмед-кади Ахтаев, который сам причислял так называемых «ваххабитов» к «салафитам».
Хотя все чеченцы являются мусульманами, нельзя сказать, что ислам здесь является максимально объединяющим фактором. Чеченское общество и сейчас остается разделенным на множество тэйпов-тукхумов (родственные объединения), чьи представители входят в различные исламские ордена и братства – вирды. Эти объединения относятся в основном к суфийским орденам, члены которых посредством особого ритуала стремятся «приблизиться к Аллаху и слиться с его божественной природой». Кроме того, в Чечне весьма распространен адат, который часто противоречит исламским нормам, что также ослабляет традиционный ислам как объединяющую идеологию.
Исламизация республики объективно была на руку чеченским властям, взявшим курс на полное отделение от России. Дистанцировавшись от России как от оплота неверных, выступая в роли борцов за ислам, они намеревались добиться независимости