Указом Президента от 19 июня 1995 года был утвержден «Порядок обеспечения правительственной связью должностных лиц государственных органов, местных органов власти и самоуправления, предприятий, учреждений и организаций». К тому времени ГУПС возглавил Лазарев Григорий Петрович.
18 октября 1996 года государства – участники СНГ собрались в Москве и решили создать Межгосударственную систему документальной шифрованной связи СНГ «Атлас-СНГ», являющуюся составной частью автоматизированной системы информационного обмена между государствами, на основе Концепции, одобренной и рекомендованной к реализации Координационным советом по обеспечению безопасности шифровальных средств и их эксплуатации в системах правительственной и закрытой ведомственной связи государств – участников СНГ.
В соответствии с этим Соглашением в системе «Атлас-СНГ» используются информационные технологии, программные средства и средства защиты информации, предоставляемые Российской Федерацией на основе двусторонних соглашений. Украина согласно постановления Кабинета Министров №1182 от 3 июля 1999 года присоединилась к Соглашению о создании Межгосударственной системы «Атлас-СНГ».
В 1997 году специалистами ГУПС была организованна линия связи «Кабинет Президента Украины – борт космического корабля «Колумбия», по которой Л. Д. Кучма разговаривал с первым украинским космонавтом Л. Каденюком.
Кроме вопросов эксплуатации системы ПС, ГУПС обязан был решать вопрос её развития с использованием современного телекоммуникационного оборудования. А с целью обеспечения её информационной безопасности и функциональной независимости – решать вопрос разработки и создания отечественных средств криптографической защиты информации (далее – КЗИ).
Осознавая важность криптографии для обеспечения надёжной защиты информации, ГУПС было принято решение о необходимости развёртывания системы КЗИ в Украине, которое было поддержано руководством страны. В результате в феврале 1998 года Указом Президента Украины №110 «О мероприятиях по усовершенствованию КЗИ в телекоммуникационных и информационных системах» на ГУПС была возложена задача по решению всего комплекса задач, связанных с созданием системы КЗИ в Украине.
В результате были созданы украинские шифры, своя система генерации ключевых данных и собственное производство шифров. Эти шифры обеспечивали гарантированную стойкость ПС. Таким образом была получена полная независимость в этой сфере от России, что укрепило государственную независимость в целом. 15 специалистов ГУПС стали лауреатами Государственной премии в области науки и техники, что было признанием со стороны государства.
Новым направлением деятельности ГУПС стали научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, разработка отечественной специальной