Весной 1897 г. при поддержке Г.Ф. Шершеневича Е.В. Васьковский защитил в Казанском университете магистерскую диссертацию на тему «Организация адвокатуры».
В октябре 1897 г. Е.В. Васьковский был принят на должность приват-доцента Императорского Новороссийского университета на кафедру гражданского права. В соответствии с Университетским уставом 1884 г. эта должность не была штатной, и молодому приват-доценту не поручили чтение лекций. Судя по всему, Евгений Владимирович продолжал заниматься адвокатской практикой из-за отстуствия учебной нагрузки в университете.
28 октября 1901 г. Е.В. Васьковский защитил в Казанском университете докторскую диссертацию на тему «Цивилистическая методология. Учение o тoлкoвании и применении гражданских закoнoв» и получил ученую степень доктора права. В качестве оппонентов Е.В. Васьковского выступили профессор Г.Ф. Шершеневич и приват-доцент Казанского университета А.В. Завадский (1873–1915). Защита диссертации со столь необычной темой вызвала большую дискуссию в цивилистической литературе. Весьма критичными были рецензии Г.Ф. Шершеневича, А.В. Завадского, В.А. Богородицкого. Особенно острая дискуссия возникла между Е.В. Васьковским и ординарным профессором Императорского Новоросийского университета по кафедре гражданского права А.И. Загоровским14, который не признавал научную новизну в исследовании Е.В. Васьковского. В 1903 г. А.И. Загоровский писал, что Е.В. Васьковский не получил приглашение ни от одного университета, несмотря на потребность в ученых-правоведах, а юридический факультет Императорского Новороссийского университета, в котором он учился, не дал ему ни одного поручения, несмотря на то, что Е.В. Васьковский находился в должнсоти приват-доцента уже много лет.
В 1904 г. Евгений Владимирович опубликовал ответ профессору А.И. Загоровскому, в котором детально изложил свою аргументацию относительно предмета дискуссии15.
В январе 1904 г. Е.В. Васьковский был назначен Министерством народного просвещения на должность экстраординарного профессора по кафедре гражданского права и гражданского судпроизводства Императорского Новороссийского университета.
Революционные события 1905 г. повлияли на систему управления университетами. В частности, была возобновлена выборность ректора и деканов факультетов. Хотя Е.В. Васьковский в 1905 г. не был избран деканом юридического факультета и уступил на выборах своему оппонету А.И. Загоровскому, который в дальнейшем отказался от должности, в этом году он получил чин колежского советника.
В октябре 1906 г. Е.В. Васьковский занял должность ординарного профессора по кафедре гражданского права и гражданского судопроизводства, а в ноябре 1906 г. его избрали проректором Императорского Новоросийского университета по работе со студентами.
В