Они вернулись, выполнив эту почетную миссию, в мае 1589 года и оставались в относительном бездействии до конца года. Только три галеры, принадлежавшие частным лицам (из них две – великому магистру), направились в Левант, где захватили две турецкие галеры с Родоса. Тосканцы тоже до конца года захватили две вражеские галеры.
Тем временем мятеж против турок в Триполи стал серьезной проблемой. Хасан-ага, король Триполи, находился в Триполи в поисках помощи, когда мятежники нанесли поражение посланной против них армии и развили успех, осадив Триполи. Желая воспользоваться ситуацией, великий магистр в августе направил в Триполи генерала галер Гомедеса с припасами для мятежников и обещанием поддержки, но прибытие Хасана с флотом из 55 галер, 3 махонов и неопределенного числа парусников из Константинополя сделало выполнение обещаний невозможным. Хасан усилил турецкий гарнизон и вернулся в Константинополь на зиму. В марте 1590 года мальтийские галеры снова были посланы для участия в совместных действиях с триполийскими мятежниками, но из этого ничего не вышло, и в следующем году восстание прекратилось.
После возвращения из Триполи Гомедес со своими 5 галерами в мае направился в Левант вместе с 4 тосканскими галерами, которыми командовал вице-адмирал Росси, к Франческо де Монтауто. Было захвачено несколько турецких судов, но рейс прервался из-за внезапного появления флота из 16 турецких галер, которые организовали такое упорное преследование, что им даже пришлось бросить два «фрегата», чтобы спастись. Тосканцы вернулись в Ливорно, где Монтауто организовал вылазку в окрестностях Корсики,