На Вельского и начала свое наступление другая партия – «добрых и сильных», как называл их князь Курбский, потомков властителей великих княжеств, завоеванных Москвой. Первым по знатности рода здесь был князь Иван Мстиславский, возглавлявший боярскую Думу, но он был уже стар, любил покой. Тон в партии задавали князья Шуйские – «старейшая братия» среди потомков Рюриковичей, так что главой «добрых и сильных» стал прославившийся под Псковом воевода Иван Петрович Шуйский. В партию входили и потомки прославленных в русской истории боярских и княжеских родов: Головины, Колычевы, Голицыны…
Наметив жертву, подготовили бунт. Двадцать тысяч горожан подступили к Кремлю и потребовали выдать Вельского, который «умертвил царя Ивана, а теперь хочет извести царя Федора». Годунов вступил в переговоры с разъяренной чернью. «Сладкоречивый муж», как назвал его летописец, смог уговорить толпу согласиться на высылку Вельского и разойтись.
Вельского отправили наместником в Новгород-Северский. Борис потерял сторонника, но в долгу не остался. Уже вскоре он слезно попросил защиты у царя и сестры, показал донос – дескать, на пиру у князя Ивана Мстиславского задумали его, Годунова, убить. Федор, не желавший омрачать гневом покой души, отдал расследование в руки самого Годунова, и знатнейший боярин Мстиславский был пострижен в дальний монастырь, где и умер.
Шуйские тотчас приготовили достойный ответ. Митрополит московский Дионисий, великий книжник, конечно же, был на стороне «старины». Шуйские уговорили его действовать – вместе с богатейшими московскими купцами и высшим духовенством явиться во дворец и передать царю «моление народное». В нем говорилось, как обеспокоен народ, что у царя нет потомства и грозит пресечься на престоле великая Рюрикова династия. Оттого и молят люди Федора сослать неплодную супругу в монастырь, как поступил дед его Василий с бесчадной Соломонидой, а в жены взять молодую боярышню – внучку погибавшего в ссылке Ивана Мстиславского.
Так они придумали избавиться от сестры Годунова. Но у Бориса уже была целая армия доносчиков, и о заговорах он узнавал вовремя. Ему удалось усовестить митрополита разумными доводами: Ирина-де «находится в летах цветущих» и вполне может еще родить наследника.
Утихомирив митрополита, Борис тотчас сообщил царю, как его задумали разлучить с любимой женой. Вечно улыбающийся Федор в первый раз в жизни пришел в гнев – он обожал Ирину. Дионисий понял, что проиграл, и поспешил во дворец – покаяться