Тем не менее на картине Леонардо растения и цветы не выглядят сухим перечнем растений ботанического сада. Скорее они вольно растут сами по себе, реагируя на совершающееся перед ними событие.
Да Винчи выбирал только виды, которые можно было связать с символикой Благовещения, и изображал их очень реалистично. Это одна из редких картин той эпохи, на которой изображены только растения, цветущие в данное время года. Среди них выделяются ромашки, символ чистоты и доброты Марии, чьи хрупкие стебли сгибаются под ногами коленопреклоненного ангела. Гораздо труднее заметить тюльпаны, колышущиеся под действием воздушного потока, поднятого крыльями Гавриила, так сильно, что с них того и гляди осыплются лепестки; они символизируют душу, которую питает любовь Бога, поскольку быстро вянут без солнца. Эксперты также обнаружили вокруг них цветы водосбора, возможно, выбранные Леонардо из-за того, что форма их венчика напоминает летящего голубя. Голубь, символ Святого Духа, оплодотворяет Деву Марию. Позади цветущего луга тропинка уводит взгляд в глубь картины, где появляются четыре кипариса, без которых никогда не обходится изображение Благовещения. Кипарис устремлен прямо вверх, к Богу, как сердце Богоматери, однако это также дерево усопших, предсказывающее жестокие испытания, ожидающие Иисуса. В день зачатия Христа нельзя не думать о его смерти и воскресении.
Да Винчи создал свой собственный ботанический перечень, представленный огромным количеством рисунков.
Цветы у Леонардо служат не только для украшения картины, они свидетельствуют о том, насколько пристально он всматривается в окружающий мир. Если Боттичелли поместил на картине «Весна» более пятисот видов растений, взятых из бесконечного каталога средневековых гербариев, то да Винчи создал свой собственный ботанический перечень, представленный огромным количеством рисунков. Среди них почти не встречаются простые наброски или эскизы, это, по большей части, этюды с натуры, на которых нанесены тени и солнечные блики, представлены разные варианты одного цветка, а само растение изображено с различных ракурсов. Для него это живые существа, к которым Леонардо относится с таким же вниманием, как к изображению лица, тела, или руки. Они не просто присутствуют на картине в качестве абстрактных символов, но обладают собственной индивидуальностью. Достаточно взглянуть на лилии в руке ангела в «Благовещении»: они все разные, были сорваны на разных стадиях цветения, а каждый из пестиков, возвышающихся среди лепестков, не похож на другой, точно так, как это происходит в реальности.