Несмотря на вышеназванные факты, конкретного указания от СНК СССР и ОГПУ СССР на закрытие Ново-Афонского монастыря и требования всех насельников «пустить на перековку» не было. Однако правда о закрытии Ново-Афонского монастыря до сих пор находится за семью печатями. Дело в том, что на самом деле главным инициатором роспуска монастырской обители и превращения ее в совхоз и курортный объект выступил сам глава СНК ССР Абхазии Н.А. Лакоба. Надо заметить, что этот факт один из самых тайных и непубликуемых в биографии и жизнедеятельности вождя абхазского народа. Судя по сохранившимся документам в ГА РФ (Ф. Р-3316. Оп. 16а. Д. 144. Л. 1–6), председатель СНК ССР Абхазии Н.А. Лакоба грозно, с большим раздражением и ультимативно отвечает как на запросы зампреда ОГПУ СССР Г.Г. Ягоды, так и Первого секретаря Закавказского крайкома РКП(б) Г.К. Орджоникидзе (занимал должность с февраля 1922 по сентябрь 1926 года), категорически оправдывая свое решение о закрытии монастыря в Новом Афоне. Безусловно – это одна из самых негативных сторон тщательно отлакированной и перелицованной биографии Нестора Лакобы, который прослыл крайне справедливым человеком. Автор чуть подробнее остановится на этом факте закрытия обители в Новом Афоне в главе про строительство Дома отдыха ЦИК «Мюссера», где впервые в СССР и РФ на страницах этой книги опубликует документы из фонда ГА РФ о главной роли Н.А. Лакобы в неприглядной истории с монастырем.
В результате совершенно тайных, не согласованных с Центром и Закрайкомом решений 4 октября 1924 года, на основании постановлений СНК ССР Абхазии за подписью Н.А. Лакобы и Абхазского областного комитета КП(б) Грузии за подписью ответсекретаря Е.М. Асарибекова, Ново-Афонский монастырь был закрыт,