28 марта 1938 года решением Политбюро ЦК ВКП(б) ГУГБ НКВД СССР было расформировано. Первый отдел вошел в состав вновь созданного 1-го Управления (госбезопасности) НКВД СССР, а 29 сентября 1938 года был возвращен в состав воссозданного ГУГБ НКВД. Для обеспечения безопасности государственных деятелей во время поездок по стране и во время отдыха в других регионах СССР существовали 1-е отделы (отделения) местных УГБ НКВД СССР. В начале февраля 1941 года в органах внутренних дел и госбезопасности началась структурная реформа, которая тесным образом увязывалась с задачей максимального приближения деятельности спецслужб к условиям войны. В соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 февраля 1941 года «О разделении Народного Комиссариата Внутренних Дел СССР и образовании Народного Комиссариата Государственной Безопасности СССР» 26 февраля 1941 года был издан приказ НКГБ СССР, который предписывал организовать:
Управление коменданта Московского Кремля (УКМК) НКГБ СССР во главе с генерал-майором Н.К. Спиридоновым;
1-й отдел НКГБ СССР во главе с комиссаром государственной безопасности 3-го ранга Н.С. Власиком, возложив на него охрану руководителей партии и правительства.
Таким образом, государственная охрана была сконцентрирована в два самостоятельных органа, которые не были подчинены друг другу, но взаимодействовали во всех мероприятиях по координации действий охранной службы. 22 июня 1941 года подразделения охраны 1-го отдела НКГБ СССР перешли, как и весь Наркомат госбезопасности, на усиленный вариант работы. В дополнение к охраняемым объектам (здания наркоматов, загородные правительственные резиденции на Черноморском побережье Кавказа, под Москвой, в Крымской АССР, комплекс домов ЦК ВКП(б) на Старой площади и т. д.) на 1-й отдел НКБ СССР была возложена обязанность охраны особо важных пунктов размещения Ставки Верховного Главнокомандования (СВГК) Генерального штаба Красной армии. В первой половине 1943 года, в условиях наступления Красной армии, было признано целесообразным вернуться к довоенной реформе органов государственной безопасности, которая максимально соответствовала задачам обеспечения фронта и конечной победы над немецко-фашистскими