После возвращения на родину Гизель изучал богословие, историю и юриспруденцию во Львове. Хорошо знакомый с латино-польской образованностью, он становится преподавателем в основанной Петром Могилой Киевской коллегии, а с 1648 г. и ее ректором. В это же время он был игуменом сначала Дятловицкого, потом Киево-Братского, и затем Кирилловского и Николаевского монастырей. В 1656 г. Гизель был сделан архимандритом Киево-Печерской лавры и оставался им до своей смерти в 1683 г. Петр Могила, умирая, в 1647 г. завещал ему свой титул «благодетеля и попечителя киевских школ» и поручил надзор за Киевской коллегией. Иннокентий помогал своим товарищам в книгоиздательской деятельности. Так, он редактировал сочинения Лазаря Барановича, содействовал публикации книг А. Родивиловского, И. Галятовского и др.
Ученый с полным убеждением в правильности сделанного шага принял протекторат Москвы над православной Украиной. Вместе с Барановичем он уговаривал гетмана Дорошенко «склониться по-прежнему под державу и оборону его царского величества». Как отметил А.С. Лаппо-Данилевский, Гизель «надеялся на сень крыл орла московского» и называл Малороссию «блаженной», так как она «на отвращение бед и утоление скорбей» столь «благочестиваго премудраго монарха православно-российскаго над собою имеет». Гизель и другие киевские ученые, не располагая свободным временем, не выработали какой-либо теории применительно к быстро развивавшимся событиям второй половины XVII в. Они ограничивались довольно отрывочными замечаниями на характер политических отношений, который, по их мнению, желательно было бы установить между Украиной и ее соседями[94].
Выказывая желание, чтобы Украина состояла под «обороною монарха российскаго», Гизель и его коллеги были на стороне гетманского окружения и казацкой старшины и не думали утверждать, чтобы она была превращена в провинцию Московского государства. Иннокентий Гизель полагал, что государь должен «оставлять» своих подданных «по вольностям прислушающим жити» и твердо стоял за церковную автономию Украины. Гизель, Баранович и другие видные церковные деятели просили, чтобы патриарх московский «не вступался в их духовные права» и не упускали из виду своих гражданских прав, настаивая на том, чтобы московским воеводам в их городах не быть, кроме того